基于机器学习的诱导多能干细胞前体细胞识别

来源 :中国科学院大学(中国科学院深圳先进技术研究院) | 被引量 : 0次 | 上传用户:lgdtmz
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
诱导多能干细胞前体细胞是指处于重编程早期的还未诱导成熟的细胞,前体细胞的识别可为研究诱导多能干细胞的起源和底层机制提供有价值的信息。但是,由于缺乏重编程早期前体细胞的生物标记,目前很难通过实验手段识别重编程早期的前体细胞,且实验手段仅能在重编程后约第6天通过荧光探针确定诱导多能干细胞。此外,实验手段识别早期前体细胞的另一大难点是前体细胞的比率极低,在重编程早期,前体细胞的比例通常低于5%,这个比率非常低以致于很难通过实验手段抓取细胞。本文提出了一种全新的基于机器学习和显微图像分析的诱导多能干细胞前体细胞识别方法。首先,本文使用Oct4,Sox2和Klf4三种逆转录病毒转染小鼠胚胎成纤维细胞并转染48小时,48小时后用活细胞成像系统记录3到5天内的前体细胞和其他小鼠胚胎成纤维细胞(普通细胞)的重编程过程并得到延时显微图像。然后,借助Imaris分割并追踪细胞,并计算11种细胞形态和运动特征,比如面积,速度等,并选择最佳时间窗口进行建模,同时使用直接降维等方法提高模型泛化能力。最后,基于特征选择选出的六种特征和最佳时间窗口构建基于XGBoost的预测模型。模型允许样本数据集存在一定数目的缺失值/帧。模型使用三种验证方法,分别是CrossValidation,Holdout-Validation和Independent-Test,实验结果表明,模型识别前体细胞的最低准确率高于52%,也就是说,病毒感染后3到5天内预测出的前体细胞比例高于52%。结果还证实了前体细胞的形态和运动模式与普通细胞的区别,这种区别帮助了机器学习方法识别前体细胞。
其他文献
免疫增强剂的研究已成为当前鱼病学研究和新鱼药开发的一个热点。作为一种新型的绿色渔药,免疫增强剂以其种类多、应用广、使用方便等优点,日渐受到人们的青睐。研究表明,免
随着控制理论和智能技术的发展,机械臂的应用已经从工业生产进入到航空航天、深海探险、医疗服务等多个领域,成为人类发展所需支柱技术的重要组成部分之一。机械臂作为一种集电气、机械设计、控制等技术为一体的复杂设备,其控制部分、驱动部分、检测部分和执行部分等都可能在工作的过程中发生难以预料的各种故障,其代价往往是巨大的。因此,本文以六自由度机械臂为研究对象,在详细分析了机械臂运动学及动力学模型的基础上,深入
研究了在水蒸汽处理的丝光沸石上以甲醇和氨为原料催化合成二甲胺,发现能使二甲胺的选择性达到70%,三甲胺的选择性为5%以下,甲醇转化率为90%以上.用红外光谱表征了某些催化剂
中美贸易摩擦是当下国际热点议题,其趋势与发展对国际经济格局与国际关系网都会产生不可估量的影响。两国贸易博弈中,新闻报道是中美两国获取贸易战的话语权与主导权的主要途径。CNN与人民网作为两国最具影响力的媒体组织之一,在国内外都拥有广泛的用户群体。这两家媒体在国际舆论场上的巨大影响力,直接影响了中国与美国国家形象的建构,因此,以CNN与人民网作为研究对象,探究两家媒体在中美贸易摩擦中如何建构中美的国家
本文依托导师主持的国家自然科学基金面上项目和课题组教授主持的国家自然科学基金青年科学基金项目,将移动三维激光扫描技术和定点摄影测量方法应用于大宁河特大桥的变形监测,考虑环境温度的季节性变化,获取温度变化作用下桥梁结构的变形状态。研究内容如下:(1)针对传统水准测量工作依赖人工,操作重复繁琐且测量结果离散的缺点,采用移动三维激光扫描技术对大宁河特大桥桥面变形进行数期监测,并获取结构的点云数据;结合N
据北京水屯市场信息办2012年10月21日对淡水鱼价格的监测结果显示:近期淡水鱼价格持续走低,目前市场监测的走量较大的四种淡水鱼均价9.75元/千克,周环比下降4.87%,月环比下跌11.76%;去年
在经济飞速发展的当代,财务共享服务平台越来越成为目前大型企业降低成本的一个契机,在一些国内企业选择走向国际市场的同时,多地的财务处理问题或将成为企业发展的绊脚石。目前财务共享服务中心这种形式的企业在我国尚处于摸索阶段,在我国相关政策的推动下,其发展迅速,但是对于财务共享服务中心的研究大多在定性的分析研究上,对于其绩效考评模式的构建和探索目前尚未完善;构建完善的共享中心绩效评价体系有利于及时的发现问
测定了3个三元体系LaCl_3-Am-H_2O(Am=Gly,Glu,Ser)在25℃时的溶度和饱和溶液的折光指数。报道了三元体系中生成的三元配合物La(Gly)Cl_3·2H_2O(A_1)、La(Gly)_3Cl_3&#1
一个企业的经营管理.不仅要在厂一级、车间一级实现,更重要的是要在班组里实现。只有这样才能使企业的经营管理,从上到下得到切实落实。因此,车间领带必须高度重视,因为班组长是联