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目的:
1.研究开发快速、灵敏、亲环境的DNA检测方法,为聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶上DNA的检测提供合适的方法;
2.探究凝胶上DNA的检测机理,阐明VPBBO染料与核酸的相互作用,探讨了其作用方式和作用机理,将有助于人们从分子水平上了解检测机制。
方法:
1.DNA染料检测方法:选用碱性艳蓝BO(VPBBO)染料,考察影响检测结果的各个因素,如染色液的浓度及组成、染色时间、脱色时间及各种盐离子对检测结果的影响等,建立DNA染料检测操作步骤;
2.为了能更深入的研究染料检测的机理,通过采用光谱法、粘度法、分子对接模拟、质谱法等多种研究手段来共同研探究染料与DNA的相互作用。
结果:
1.分别在琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶上建立了DNA染料检测方法,灵敏度分别为0.4-0.8 ng/band和0.8-1.6 ng/band,其操作步骤分别如下:
(1)琼脂糖凝胶a、染色:在25 ml组成为0.005% VPBBO/10%乙醇/0.1% NaHCO3的染色液中染色10 min;
b、脱色:在25 ml组成为40%乙醇/1%乙酸脱色液中脱色3-5 min。
(2)聚丙烯酰胺凝胶a、染色:在50 ml组成为0.001% VPBBO染色液中染色10 min;
b、水洗:在50 ml DW中水洗1 min。
2.通过采用光谱法、粘度法、分子对接模拟法、质谱法等多种研究手段来共同探究染料与DNA的结合机制,VPBBO染料和DNA以沟槽形式相结合。
结论:
1.新建立的DNA染料检测方法在琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶上的灵敏度分别为0.8-1.6 ng/band和0.4-0.8 ng/band,与EB荧光染色法相似;
2.通过采用光谱法、粘度法、分子对接模拟法、质谱法等多种研究手段来共同研探究染料与DNA的结合的机制,VPBBO染料和DNA以沟槽形式相结合。通过阐明VPBBO染料与核酸的相互作用,探讨了其作用方式和作用机理,将有助于人们从分子水平上了解检测机制。