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植物内生细菌（Endophytic bacteria）的种群组成是环境细菌与宿主植物在长期适应性进化和互相选择过程中形成的。目前,对植物内生细菌的研究主要集中于物种多样性调查、活性代谢产物分离、功能分析与应用等方面,对植物内生细菌的起源及传播问题有待深入研究。植物内生细菌的区系中,哪些种类是通过垂直传播保留在宿主植物中?哪些种类是通过水平传播成为植物内生细菌?这些内生细菌对宿主植物的功能贡献又是什么?这一系列的科学问题有待揭示。本论文以拟南芥内生细菌为研究对象,采用可培养方法,从拟南芥内生细菌的垂直传播、空气和培养基质对拟南芥内生细菌区系组成的影响、拟南芥内生细菌对宿主的潜在功能贡献,研究不同环境因子（空气、培养基质）对植物内生细菌区系组成的影响,及内生菌对宿主植物的贡献,获得以下主要结果:1.从拟南芥母本种子中共分离出4属、8种内生细菌,分别属于Bacillus、Microbacterium、Pseudomonas、Rhizobium;从一代种子中分离出4属、7种内生细菌,分别属于Bacillus、Agrobacterium、Pseudomonas、Rhizobium;其中仅有Bacillus tequilensis能从母本种子垂直传播给子代种子。2.在常规培养条件下（自然基质,开放培养）,从拟南芥地上部共分离到内生细菌27种,分别属于20个属;从植株地下部共分离到内生细菌8种,分别属于3个属。地上部植株内生细菌的优势属为Bacillus,包括:B.cereus、B.siamensis、B.taxi、B.tequilensis、B.velezensis;地下部植株内生细菌的优势属也为Bacillus,包括:B.cereus、B.siamensis、B.tequilensis。通过比较“灭菌基质-开放培养”与“灭菌基质-封口培养”条件下的拟南芥内生细菌种群组成,发现来源于空气的内生细菌共50种。其中,定殖于地上部内生细菌46种,分别属于23个属,包括:Achromobacter（1种）、Alcaligenes（1种）、Bacillus（4种）、Brevibacterium（3种）、Brucella（2种）、Chryseobacterium（3种）、Comamonas（1种）、Curtobacterium（2种）、Flavobacterium（2种）、Leifsonia（1种）、Microbacterium（5种）、Neobacillus（1种）、Nocardioides（2种）、Novosphingobium（1种）、Paenarthrobacter（1种）、Paenibacillus（4种）、Pseudomonas（3种）、Rhizobium（1种）、Sphingobacterium（3种）、Sphingobium（1种）、Sphingomonas（1种）、Stenotrophomonas（2种）、Variovorax（1种）;定殖于地下部内生细菌6种,分别属于6个属,包括:Bacillus（1种）、Brevibacillus（1种）、Cohnella（1种）、Microbacterium（1种）、Paenibacillus（1种）、Pseudomonas（1种）。通过比较“灭菌基质-封口培养”与“自然基质-封口培养”条件下的拟南芥内生细菌种群组成,发现来源于培养基质的内生细菌共29种。其中,定殖于地上部内生细菌19种,分别属于11个属,包括:Achromobacter（1种）、Acinetobacter（1种）、Agrobacterium（3种）、Bosea（1种）、Chryseobacterium（2种）、Enterobacter（1种）、Flavobacterium（2种）、Microbacterium（3种）、Pseudomonas（3种）、Shinella（1种）、Sphingobium（1种）;定殖于地下部内生细菌11种,分别属于9个属,包括:Agrobacterium（1种）、Bacillus（2种）、Cytobacillus（1种）、Dyella（1种）、Falsibacillus（1种）、Paenibacillus（2种）、Protaetiibacter（1种）、Rummeliibacillus（1种）、Streptomyces（1种）。3.从拮抗病原、促进生长、提高植株重金属耐受性三方面评估了170株、118种拟南芥内生细菌对宿主植物的潜在贡献。发现对南方根结线虫J2致死率大于40%的内生细菌种类共10株（占总菌株数的5.9%）、9种（占总种类数的7.6%）;能拮抗青枯雷尔氏菌的内生细菌有16株（9.4%）、16种（13.6%）;能拮抗尖孢镰刀菌的内生细菌有28株（16.5%）、23种（19.5%）。以株高、果荚数、地上部分和地下部生物量为指标,筛选出13株（7.6%）、11种（9.3%）内生细菌对拟南芥有促生效果;其中Ps.nitroreducens HR1能溶磷、产铁载体、产吲哚乙酸,Stenotrophomonas bentonitica HT8可溶磷、产吲哚乙酸、产ACC脱氨酶,Ps.veronii RL4能溶磷、产铁载体、产ACC脱氨酶。在内生细菌中,25株（14.7%）、23种（19.5%）对500 mg/L Cd2+具有耐受性;其中A.deltaense ZG3、M.oleivorans GK4-1、P.protaetiae NK11能显著提高拟南芥对镉的耐受性。