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本文主要对直接转成独立运行科技型企业的科研院所进行讨论，其他转制形式不作研究。本文指出了建立现代企业制度。一些效益较好的大型科研院所易采取股份有限公司这种改制方式，一些中小型科研院所易采取股份合作制的方式。这两种制度都有助于排他性产权的建立。产权改革中股权交易更利于市场化操作，引入股权是产权制度改革的一种重要形式。
本文提出的这一市场化体系是在分析多个院所转制案例的基础上得出的，希望能对转制院所推进市场化进程有一定参考价值。相信随着院所改革的深入，经济学理论的发展，这一体系会不断地被修改、补充和完善。