当今，世界各国之间的竞争从原来的政治、经济、国防等几方面转移到科技领域，科技领域已成为各国核心竞争力的中流砥柱。技术创新已经成为科技领域的重要活动之一，而研究与开发(R&D)是构成技术创新的一个必要环节，是创新的投入，是创新成功的物质和科学基础，R&D活动是评价一个国家科技能力和创新能力的重要指标。　　大中型企业是我国国民经济的支柱，对整个经济发展起着决定性的作用。本文基于数据包络分析(DEA)方法和Malmquist指数法建立了我国高技术产业的评价指标体系，建立了评价R&D效率的DEA模型和R&D生产率评价模型，分别从地区分类和行业分类两个方面对我国高技术产业中的大中型企业进行评价分析。运用实证分析法首先对2011年的截面数据进行横向的评价，分析了我国高技术产业中大中型企业内部投资结构，指出了投入产出效率不高，规模效益偏低的原因;然后对2005-2011年的面板数据进行纵向的评价，分析各地区和各行业的总技术效率、纯技术效率和规模效率的变动，并给出了调整后的投资方案;最后运用Malmquist指数法分析了2005-2011年高技术产业中大中型企业的R&D生产率变化因素，指出了影响各省份和各行业全要素生产率变动的原因。