随着高等教育管理体制改革的深入,高等教育机构规模迅速扩大,收入结构趋向多元化,资金流动速度快速增长,高等院校经营效率的提高越来越受到关注。但目前我国高等院校在教育资源的管理和使用上出现了诸多问题,如预算资金投入高产出低,债务风险持续聚集,生均培养成本急剧上升,预算资金使用效益较低等等。针对高等院校预算管理出现的上述问题,政府部门逐渐加入了对高等院校进行绩效评价的具体应用。同时,强调资金使用的经济性、效率性和效果性的预算绩效评价体系开始受到高等院校的重点关注。本文通过对比国内外高等院校预算管理及预算绩效评价的现状,加上分析近两年985高校预决算数据,发现我国高校在预算执行及绩效评价中出现的问题,以此说明构建高校预算执行绩效评价体系势在必行。先用平衡计分卡原理从财务层面、顾客层面、内部管理层面和学习及创新四个层面选取绩效评价体系相关指标,构建新的高等院校预算执行绩效评价体系。然后再用层次分析法确定每个指标的权重。本文选取了12所985高校2015年预决算数据,使用MATLAB软件进行计算,以Z大学对比其他11所985高校数据进行实证分析,结果表明,评估方法是实用的,并根据评估结果提出相应的改进措施和意见。最后提出一些关于构建高校预算执行绩效评价体系的建议。