随着科学技术创新的速度加快和高新技术的广泛应用，企业生存和竞争的压力逐渐增大，企业与企业的合作关系也越显重要，特别是供应链合作关系。为了寻求新的发展途径、学习先进的技术知识、获取最新的市场数据，合作创新势在必行。现在，在供应链中，已经出现了一种新的基于产品战略与创新的模式。这种模式需要供应链上下游企业开展密切的合作以满足顾客需求的多样性和应对环境的多变性。那么，如何建立与维护良好的供应链合作关系，并使之提高企业绩效成为本研究所要探究的问题。本文从跨学科的视觉出发，把不同学科的理论和方法融合到了一起，创造性将风险作为调节变量，来研究供应链合作关系对企业绩效的影响，并且以供应商参与合作创新作为中介变量，研究三者之间的影响机制。其中参照国内外学者的一些观点，将风险分为内部风险和外部风险，分别探讨了他们在供应链企业合作研发过程中的调节作用。其研究方法采用文献理论分析法、问卷调研法和统计分析法相结合的方法。调研问卷的发放对象选取校内和校外的MBA、EMBA的学员，分纸质问卷和电子邮件两种方式。然后借助SPSS和AMOS两个统计工具对调研数据进行分析，最后讨论这些研究结果，提出未来的研究途径。本研究提出供应链合作关系对企业绩效具有正向影响。在合作时，内部风险和外部风险越高，这种正向影响越明显。这提醒合作企业在履行承诺、培养信任感、建立信息交流渠道，加强合作双方协调性的同时，也要重视企业内部与外部环境的风险在其影响过程中所发挥的重要作用。此外，不同风险的调节作用以及供应链合作关系对企业绩效的影响程度都存在很大差异。因此，无论是研究结果的分析与讨论还是研究中的指标体系对未来的学者和企业家都有很大借鉴意义。