滩羊养殖是宁夏重要畜牧经济收入之一,但饲养成本高为滩羊产业的发展带来限制。不同剩余采食量（RFI）的测定能够直观的了解到滩羊对饲料的吸收利用效率,而瘤胃作为影响反刍动物饲料消化吸收的重要器官,探讨不同RFI下滩羊瘤胃蛋白的表达情况,通过组学技术来提高滩羊饲料消化吸收的利用效率,能够有限度地充分利用饲草料的资源,降低了舍饲养羊的饲料成本。本研究利用TMT标记和IMAC磷酸化肽段富集技术以及液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS）的定量蛋白质组学研究策略,在饲养实验及RFI计算基础上选择极低RFI公滩羊和极高RFI公滩羊各5只（记作:极低RFI滩羊,极高RFI滩羊）,对不同RFI下滩羊瘤胃壁进行蛋白组学及蛋白磷酸化组学研究。试验一:通过TMT蛋白定量技术和串联质谱分析,以差异倍数FC＜0.5或FC＞1.5且P（t test）＜0.05作为标准进行筛选,与极高RFI滩羊组相比,极低RFI滩羊组中显著上调蛋白177个,显著下调蛋白851个。上调蛋白主要富集到的代谢通路为核苷酸代谢、能量代谢以及糖酵解/糖异生代谢,这些代谢途径通过为反刍动物生长代谢提供能量以及作为反刍动物瘤胃发酵的启动因子从而对瘤胃功能产生影响。下调蛋白主要富集到的代谢通路为精氨酸生物合成以及丙酮酸代谢。精氨酸途径对于胃肠道的作用至关重要,而丙酮酸代谢通路可为反刍动物机体供能以及对瘤胃消化代谢功能有显著影响作用。其中差异蛋白NRP2、CWC22、GNL2、DDX54、RBL2、RB1CC1、mTOR、CASC3、ZHX2和SV2A形成主要的相互作用网络,其中RBL2在极高RF1滩羊组中高表达,其余蛋白在极低RFI滩羊组中高表达,且NRP2和mTOR通过影响胃窦肠道收缩以及促进瘤胃微生物蛋白合成从而对瘤胃功能产生影响。结论:不同RFI滩羊瘤胃壁差异蛋白对动物机体能量代谢有重要作用,并可通过调节瘤胃微生物蛋白合成数量以及提高反刍动物胃肠道消化酶活性从而影响RFI性状。试验二:采用IMAC磷酸化肽段富集技术以及液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS）的定量蛋白质组学研究策略,将筛选标准P＜0.05和FC＞1.5视为上调,P＜0.05和FC＜1.5视为下调,与极高RFI滩羊组相比,极低RFI滩羊组中上调差异磷酸化肽段168个,下调差异磷酸化肽段396个。将瘤胃壁蛋白进行Motif分析,共检测到磷酸化位点的氨基酸类型为S（丝氨酸）、T（苏氨酸）、Y（酪氨酸）,显著性差异的基序存在丝氨酸磷酸化位点和苏氨酸磷酸化位点,为MM.s...及R..TPP.。本研究中组蛋白乙酰化酶的Ser421、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子（SRSF）的Ser108、富含丝氨酸/精氨酸剪接因子9的Ser677、60s核糖体蛋白激酶的Ser139、水通道蛋白（AQP）的Ser74、热休克蛋白70（HSP70）的Ser231、多聚胞嘧啶结合蛋白（PCBPs）的Ser300和THO复合物蛋白的Ser1393磷酸化位点在极低RFI滩羊组中高表达,而核酸蛋白的Thr154磷酸化位点在极高RFI滩羊组中高表达。其中组蛋白乙酰化酶、SRSF、HSP70、THO复合物等蛋白的磷酸化修饰可通过影响胃肠道上皮增生、修复肠黏膜损伤、维持瘤胃壁完整性等方面从而影响反刍动物瘤胃的消化吸收功能;60s核糖体蛋白激酶、AQP、PCBPs可通过影响瘤胃微生物蛋白的合成方面从而影响反刍动物瘤胃的消化吸收功能。结论:不同RFI下滩羊瘤胃壁差异蛋白磷酸化修饰对维持瘤胃壁完整性和瘤胃微生物蛋白的合成方面具有重要的调节作用。