纵观国内外效能评价的研究，都是从学校效能的角度出发，以促进学校的改革和发展为目的。课程效能作为教育质量的一个重要指标，却没有得到相应的关注和研究，仍旧属于效能评价领域的处女地。课程效能评价更新了传统的评价理念，提供了一种更为公平合理的评价方式。课程效能评价能对课程质量进行客观有效的评价，不仅可以促进教育资源的合理分配，促进教育均衡发展，而且保证每一个学生都能受到高质量的教育，帮助我们建设惠及所有学生的公平教育。整个研究分为三个部分：第一部分，根据文献法、访谈法、德尔菲法以及问卷调查统计数据，构建初中科学课程效能评价指标体系。初中科学课程效能评价指标体系包括学习效果指标体系和影响因素指标体系。其中学习效果指标体系包括物理、化学、生物三个维度共10个指标。其中影响因素指标体系包含学生和班级两个一级维度，个人因素、家庭情况、期望因素、班级基本情况、人际关系、学习环境、教师教学、课程情况八个二级维度共23个指标。第二部分，根据初中科学课程效能评价指标体系编制问卷来进行数据收集。问卷包括两份：初中科学课程效能学生调查问卷和初中科学课程效能教师调查问卷。第三部分，构建初中科学课程效能评价模型。实证研究收集来的数据通过多层线性分析处理，构建零模型、随机效应模型、完整模型。通过对模型中数据的分析得出研究结论：1、不同班级在提高学生科学成绩进步程度上存在差异；2、学生水平因素对学生科学成绩的差距有重要影响；3、班级水平因素对学生科学成绩的差距有显著影响；4、不同课程之间的效能评价结果与传统评价结果有较大差异；5、同一课程的效能评价结果与传统评价结果有较大差异。针对以上研究结论，提出相关合理建议。