1994年税制改革中，我国统一了内资企业所得税，同时保留了外资企业所得税，实行内外有别的两套所得税制度。随着社会主义市场经济体制的建立和完善，特别是我国加入WTO后，内外有别的税收优惠既不利于内外资企业间的公平竞争，也不利于国家发挥税收宏观调控杠杆作用。因此，研究、借鉴国外税收支出的理论和实践，建立一种新的模式，更加有效地规范我国所得税税收优惠及其管理，是我国税制改革的重要内容。本文以分析税收支出理论及功能作用为起点，在对内外资所得税税收优惠的主要内容介绍和差异对比的基础上，进一步分析WTO以及税收竞争对所得税优惠政策制定的影响;肯定两套所得税优惠税制发挥的积极作用，同时，重点分析了两套所得税优惠税制的运行矛盾;文章最后提出了所得税优惠税制改革的基本原则、思路和制度设计建议。　　文章共分四部分:　　第一章阐述税收优惠的基本理论，涉及四个主要问题。第一，税收支出理论与实践的起源。　　第二，税收支出的概念和实质。不同的国家在不同的时期对于税收支出的概念、定义有不同的表述。税收支出实质上是一种特殊的政府支出，即以偏离基准税制（税收优惠）的形式实现的财政支出，相当于纳税人从国库里领钱，或者国库向纳税人拨款。　　第三，税收支出主要方式与分类。税收支出的主要形式有:豁免、税前扣除、加速折旧、盈亏相抵、优惠税率、减免税、税收抵免等。税收支出的分类可以有多种方法:从支出性质上来看，税收支出大体可以分为照顾性和鼓励性;从支出方向上来看，分为产业性税收支出、区域性税收支出、特定税收支出。从支出方式上来看分为直接税收支出和间接的税收支出。　　第四，税收优惠的功能分析。税收支出既有积极作用也有消极作用，从理论上说，应当、也可以对税收支出进行成本——效益分析，但在实践中，要确定税收支出的效益是很困难的。　　第二章介绍内外资所得税税收优惠的主要内容和差异对比，同时介绍国外所得税优惠的主要措施，并分析WTO以及税收竞争对我国所得税优惠政策制定的影响，阐述在WTO体制和税收竞争的国际环境下，优惠税制改革的方向。　　第三章在肯定两套所得税优惠税制发挥的积极作用的同时，重点分析了两套所得税优惠税制的运行矛盾。主要问题体现在:一、税收优惠结构（取向）问题;二、税收优惠总量问题;三、税收优惠方式问题;四、税收优惠管理问题;五、两套优惠税制引发的不公平问题。　　第四章提出了所得税优惠税制改革的基本原则、思路和制度设计建议。基本原则。一是税收优惠是国家宏观经济政策的重要组成部分，税式优惠的目标和具体措施要与经济发展的总体目标紧密配合;二是加强对税收优惠的管理是实现税收调节的必要保证。三是税收优惠要体现“灵活性”与“稳定性”。税收优惠政策的改变应是渐进的;四是正确认识税收优惠手段的作用以及其局限性。　　基本思路。由于我国税收收入的总量及占国民收入的比重不高，实施较大规模的减免税缺乏物质基础和空间，现实的选择只能是突出重点，有限支持，确保成效。具体思路是促进区域经济协调发展，强化产业政策，规范社会性优惠;建立税收支出预算管理制度，简化审批，逐步实现由审批向备案的转变;调整税收优惠结构，逐步实现由区域优惠向产业优惠转变;由直接减免向间接减免转变;由普惠向特惠转变。体现在:　　一、外资税收优惠政策的选择;从长远目标来看，发展方向应当是平等原则，但这需要有一个渐进的发展过程，在保持政策的连续性，不引起大的震动的前提下逐步实施。在近期对外资的优惠措施可以调整，但优惠原则仍应保留。　　二、税收优惠形式的选择;税收优惠是选择事前扶持还是事后鼓励，还是二者的有效结合，其中就有很大的学问。国内外的学者一般认为，对于基础性的科研开发活动，宜选择事前税收扶持政策为好，而对应用性技术研究开发则宜选择事后鼓励的税收政策为佳。　　三、体现产业政策税收优惠的选择;中国对外商投资企业的税收政策，产业优惠从无到有，逐步强化，但从目前布局来看仍不尽人意。综观20世纪90年代世界税制改革的趋势，税收优惠大多是以促进资金、技术和知识密集型产业为导向的。我国对企业所得税优惠政策进行调整时务必突出产业政策。　　四、区域性税收优惠政策的选择;自东向西的梯度税收优惠政策是中国对外商投资企业税收政策的重要内容，也是其一大特色。这一政策在中国改革开放初期，整体经济水平不高、吸引外资基础条件薄弱的条件下，对加快发展、推进开放起到了积极的作用。但目前从外商投资企业的地区分布看，大量外资涌入沿海地区，而西部地区引入很少，这在中国以粗放型经济增长方式为主的条件下，一定程度上促成了东西部地区间的经济发展差距拉大。有人认为，它违背了市场经济公平税负、平等竞争的要求，应彻底取消，中西部地区也不例外。实际上，无论是发达国家还是发展中国家，为了促进经济欠发达地区的经济发展，都建立了各种形式的区域性税收优惠政策。我国不仅不能取消区域性税收优惠政策安排，还要调整、加强某些特殊区域的税收优惠政策，以便更充分地体现我国区域发展战略意图。　　五、其他税收优惠政策的选择。包括对环境保护的税收优惠、对劳动就业、社会福利、校办企业的税收优惠政策以及对低所得企业适用低税率的政策。