本研究利用微卫星标记技术对我国的五指山小型猪、滇南小耳猪、贵州小型香猪及其近交系、南宁巴马香猪近交系、荣昌猪、沂蒙黑猪、汉中黑猪、二花脸猪、金华猪等10地方猪品种DNA水平上的遗传多态性进行了研究，探讨了它们之间的亲缘关系、群体内的遗传变异。并首次利用微卫星标记分析估计了8个地方猪品种及2个近交群体的近交系数。结果如下： 1．10个地方猪品种间的遗传变异分析 1．1 本研究所选用的10个微卫星位点，除S0003位点在7个群体中表现为单态，Sw790为中度多态位点外，其它的8个位点均为高度多态位点。在10个微卫星位点上共检测到了153个等位基因，其中Sw769最多为23个，S0003位点最少为5个，平均每个位点的等位基因数为15.3个。IGF-1位点的197bp、Sw769的148bp可作为巴马香猪区别于其它群体的特征性条带；S0005位点的281bp、285bp可作为荣昌猪和滇南小耳猪的特征性条带。 1．2 Hardy-Weinberg检验表明：在Sw781位点上，除巴马香猪表现为单态(x1值等于0)外，其余群体都处于遗传不平衡状态；IGF-1位点上，滇南小耳猪、二花脸猪、金华猪和沂蒙黑猪处于平衡状态，其它均处于遗传不平衡状态。 1．3 10个群体的平均位点杂合度在0.4561～0.6446之间；平均多态信息含量亦较高，在0.4241～0.6184之间，平均有效等位基因数在0.2495～3.7573之间，这表明中国地方猪种的遗传多样性比较高。 1．4 根据Nei氏标准遗传距离绘制了NJ和UPGMA两种聚类图。NJ聚类结果将本研究10个群体分为3个类群：贵州小型香猪及其近交系、滇南小耳猪和五指山小型猪为一个类群；沂蒙黑猪、汉中黑猪和荣昌猪为一个类群；二花脸猪、金华猪和巴马香猪为一个类群。而UPGMA聚类结果则将这10个猪种分为4个类群：贵州小型香猪及其近交系、五指山小型猪、二花脸猪和滇南小耳猪为一类群；汉中黑猪、沂蒙黑猪和荣昌猪为一类群；金华猪和巴马香猪各为一个类群。根据Cavalli—Sforza和Edwards余弦距离所得的NJ聚类结果将这10个群体分为4个类群：贵州小型香猪及其近交系和荣昌猪为一个类群；二花脸猪、金华猪和巴马香猪为一类群；沂蒙黑猪和汉中黑猪为一类群；五指山小型猪与滇南小耳猪为一类群。而UPGMA聚类结果则将这10个猪种进一步划分为5个类群：五指山小型猪、沂蒙黑猪、贵州小型香猪及其近交系、荣昌猪和二花脸猪为一个大的类群；汉中黑猪、滇南小耳猪、金华猪和巴马香猪各为一个独立的类群。通过对2种遗传距离所得的4个聚类结果的比较分析发现：运用Net氏标准遗传距离所得的NJ聚类结果比其它的分类方法更为准确。由Net氏标准遗传距离而来的NJ聚类结果中，除巴马香猪外，其它的地方猪品种与它们的地理分布以及根据生产性能、外型特征及血液蛋白所得而来的分类结果基本一致。巴马香猪的分类结果与地理分布的差异，可能是由于它的近交培育造成的。2．10个地方猪种的群体近交分析ZI 随机交配群体的近交系数都比较低，贵州小型香猪的最高，为0．1992，荣昌猪的最低，为0刀727。小型猪群体内的近交程度较其它5个地方猪种的高，但F检验表明：各个品种间近交系数的差异不显著卜0刀5人2，2贵州小型香猪近交系和巴马香猪近交系的近交系数分别为0．5907和0．4761，这表明两近交系的近交程度较高。