实质课税原则是税法中一项重要的解释与适用原则,在经济发展日新月异,交易形式复杂多变,避税行为纷繁复杂的情况下,为维护税收公平,保障国家税收发挥了重要的作用。意思自治原则乃民法核心原则,是当今民法制度的基石,对于维护交易自由、保障市场经济高效运转具有基础性的作用。原则上来讲,两个原则在各自领域内各行其是、并行不悖,但因为税收行为以判定民法事实为基础,民事法律关系的形式与实质又经常会因不同的原因发生偏差,二者就在税务机关进行税收事实认定的过程中产生了碰撞与矛盾。意思自治与实质课税的冲突在税务实践中体现的越来越激烈,其中以建伟案为典型代表,最高法院在相关裁判文书中对于实质课税原则的适用已经有了初步的指导意见,但实质课税原则的适用问题并未就此解决。尽管运用实质课税原则对民事法律关系进行穿透认定仅在税法范围内发生效力,但毫无疑问地会对纳税人交易行为、市场交易秩序产生重大影响,如果不能构建实质课税原则完整合理明确的运行体系,势必会侵犯纳税人的意思表达自由。深究实质课税原则适用中的问题,主要体现在三个方面,一是法律理念的不完善,民法和税法之间的价值衔接缺乏严密的沟通机制、税务机关缺乏指导实质课税原则实施的核心理念;二是制度供给的不足,《税收征管法》、《个人所得税法》中的相关条款模糊不清;三是执法手段不完备,认定标准和认定流程不合理、缺乏司法案例的指导。此外,当前各类依托互联网的经济新业态层出不穷,以网络直播为代表的新兴行业缺乏及时的纳税规范指引,实质课税原则的立法体系对这类新业态存在明显的滞后性。要想理清实质课税原则与意思自治原则之间的协调关系,核心在于将二者追求的价值理念进行整合,即在其共同的上位法宪法中找到一致的价值追求,将其统一于宪法税收正义的理念。在税收正义理念的指导之下,明确二者的边界,确定价值的动态平衡机制。在实质课税原则的适用机制方面,则要从法律理念、立法完善、机制完善三个维度进行建设。首先,在法律理念方面明确实质课税原则审慎包容的适用理念,保持谦抑的态度;在对民事关系进行穿透定性时恪守主客观相一致的态度、合理分配主观要件证明责任。其次,立法方面完善现有税法体系中的反避税条款、类型化精准化实质课税的适用情形、及时出台针对新兴业态的纳税指引。最后,在机制建设方面,要建立实质课税双向适用规则,赋予纳税人申请穿透经济实质进行税务核查的权利;明确税务认定的举证责任划分,降低纳税人的义务;还应向构建完善的案例指导体系,为纳税人提供纳税指引。完善实质课税原则的适用机制,不仅能够保护纳税人的合法税收权益,同时也将进一维护其民事活动的意思自治自由,保障交易秩序。