生物多肽(如抗体)作为一类极具医学价值的生物分子,针对于多种疾病的诊断和治疗均有益处。多肽通常为两个或两个以上的氨基酸通过肽键相连而成的化合物,十分益于人体脏器的健康。其中具有活性的多肽更具研究价值,被称为活性肽。对于肽类分子稳定构象的研究,在实际生活中具有深远的意义。为了更好地探究肽类分子稳定构象,本文着重探索了甘氨酸(Gly)、苏氨酸(Thr)二肽、Gly-Thr和Thr-Gly三肽分子以及生物大分子的稳定构象及相关性质,以建立一种快速准确地验证稳定构象在生物大分子中重要地位的方法。首先,本文采用Gaussian09和GaussView5.0软件,应用B3LYP/6-311++G(d,p)将优化得到Gly-Thr、Thr-Gly三肽作为研究对象,应用ABEEMσπ/MM、OPLS/AA、AMBER99sb、CHARMM 27和AMOEBA bio09等力场探究以上三肽的稳定构象及相对能量。以从头算B3LYP/6-311++G(d,p)结果为基准,对比分析发现应用ABEEMσπ/MM可以获得与B3LYP相同数量的稳定构象,拟合度最好,准确度最佳。其次,以相同方法基组所得的甲硫氨酸-脑啡肽作为研究对象,对其进行骨架二面角和相对能量的计算。应用ABEEMσπ/MM、OPLS/AA、AMBER 99sb、CHARMM 27和AMOEBA bio09力场方法探究该分子的性质。以从头算B3LYP/6-311++G(d,p)结果为基准,对比分析发现应用ABEEMσπ/MM可以获得与B3LYP相同数量的稳定构象(甲硫氨酸-脑啡肽六肽通过ABEEMσπ/MM可以找到更多的稳定构象数目),吻合度较高,偏差较小。而固定电荷力场OPLS/AA、AMBER 99sb和CHARMM 27以及极化力场AMOEBA bio09只能部分地重复从头算的结果,其中极化力场结果更具优势。对于AMOEBA bio09力场方法耗时较长,用时约为ABEEMσπ/MM时间的5倍,故ABEEMσπ/MM的计算效率较高。利用ABEEMσπ/MM得到模型分子的结构和性质结果表明,ABEEMσπ/MM不但可以通过扫描优化之后所得到构象的时间最短,还可以找到从头算方法所得的所有稳定构象,而且结果偏差较小。