大白菜(Brassica rapa L.ssp.pekinensis)是十字花科芸薹属蔬菜，典型的雌雄同花异交作物;是我国人民日常生活中不可或缺的重要蔬菜，在农业经济中地位相对突出，尤其在北方高寒地区，是冬春主要的蔬菜种类，栽培面积和消费量均居各类蔬菜之首。随着生物种群的进化，大白菜自交普遍存在生活力衰退现象，其自交衰退主要特征表现为抗病性减弱、单株重降低、结球性降低，植株生长势减弱、种株生活力下降。从遗传角度，人们对物种的自交衰退做了大量研究，但没有取得实质性进展，因此研究大白菜自交衰退的分子机理具有重要的意义。　　本试验通过对大白菜自交衰退前后结球性的调查，采用酶联免疫法检测衰退前后大白菜内源激素含量，并利用Illumina高通量测序和Bisulfite-Seq测序技术对植物材料A209自交衰退前后进行全基因组甲基化测序和转录组测序;通过对结球性与激素含量、基因表达、全基因组甲基化水平的联合分析，探讨大白菜自交衰退与基因组DNA甲基化的关系，取得如下结论:　　(1)通过对高代自交系A209(12067)及衍生后代A209(13358)的结球性调查，发现高代自交导致结球性退化。　　(2)对衰退前后植株的苗期、莲座期、结球期进行内源激素测定，发现衰退后植株生长素含量降低。　　(3)衰退前后基因组DNA甲基化水平发生变化，衰退材料整体甲基化水平降低;但差异表达基因中，衰退材料甲基化水平升高的多于降低的。　　(4)衰退前后总计检测到31066个基因表达发生变化，其中上调表达14735个，下调表达16331个，显著差异表达基因共7274个，显著率达到23.48％。　　(5)对甲基化相关基因BrDRM2、BrDDM1，进行qPCR相对表达分析，衰退材料的基因表达水平上升，相对表达分析与转录组测序结果表达一致。　　(6)对生长素合成关键基因BraIAA30与生长素极性运输相关基因BrPIN5、BrARF19进行qPCR相对表达分析，发现衰退后BrIAA30、BrPIN5、BrARF19相对表达量下降，初步确定BrIAA30、BrPIN5、BrARF19与自交衰退相关。