本文采用理论分析与实证研究相结合的方法，在系统分析公司治理结构相关理论的基础上，对目前国际上典型的三种公司治理结构模式，即美英模式、德国模式和日本模式进行了比较，以期为完善我国高校企业公司治理结构提供可资借鉴的经验。 论文简述了我国高校企业的成因和几个发展阶段，指出了高校企业区别于其它企业的特征：一是学校在资产关系上对其所投资的企业拥有绝对或相对的控股地位，学校对企业的管理带有行政管理的色彩；二是企业经营管理者主要是来自学校的教职工；三是企业的研究开发主要依托学校，通过科研合同、联合开发等形式有偿使用学校的资源。分析了四种类型的高校企业的发展前景，提出高校企业作为高校科技成果转化的孵化器，应以科技企业为主，逐步从非科技型生产和服务企业中撤出；对科技企业进行改制，逐步完成现代企业制度建设。概述了高校企业的现状，指出目前我国大多数高校企业的公司治理结构都存在不完善之处，主要表现在以下几个方面：(1)股权结构不合理；(2)股东会不完善、不规范；(3)董事会职权不明；(4)监事会监督不力；(5)缺乏完善的对经营者的激励约束机制。 在以上研究的基础上，以四川农业大学三个持股企业为具体研究对象，详细分析了其公司治理结构的现状。针对该校持股企业公司治理结构存在的股权结构不合理、股东会的作用弱化、董事长角色错位、董事会成员与经理层人员重叠、监事会形同虚设、激励约束机制不完善等问题，联系企业发展实际及该校正在进行校企改制的现状，借鉴国外公司治理结构的成功经验，最终提出完善四川农业大学持股企业公司治理结构的具体方案和对策：(1)优化股权结构，引入更多的法人投资者；(2)完善股东会制度，充分发挥股东会的职能；(3)加强董事会建设，优化董事会结构；(4)提高监事会的地位，强化监事会职能；(5)建立经理人员的市场选聘制度；(6)完善公司激励约束机制。 本研究对四川农业大学持股企业具有一定的实践操作意义和时效性，同时也期望能为我国高校企业的公司治理结构的完善提供一个典型性的研究案例。