快速、准确的开发全基因组范围的分子标记，对分子标记辅助育种和功能基因组学研究是至关重要的。在本论文的工作中，我们开发了一个整合性的软件，命名为AgroMarker Finder。这个软件提供了一个图形用户界面（GUI）以方便简化基因组测序数据（RAD-seq）的分析。我们利用AgroMarker Finder，在水稻品种——JP69和交源5A之间开发了90,743个高质量的分子标记，其中SNPs有82,878个，InDels有7,865个。SNPs标记的密度是0.2个/Kb，InDels的密度是0.02个/Kb，这些多态性不均匀的分布在水稻的12条染色体上。其中，12.2％的多态性会引起位于编码区的非同义替换，在这之中有0.49%的多态性会产生缺失的或延长的蛋白质。测序验证这些分子标记后，结果显示我们所开发的分子标记的准确率约为93%。通过该软件，我们发现并验证了82个SNPs和31个InDels与117个重要的农艺性状基因紧密连锁。除此以外，我们利用AgroMarker Finder，从武香075和加常1号的RAD-seq数据中筛选了10个分子标记，用于开展将香味基因BADH2从武香075向加常1号渗入的分子标记辅助育种。在武香075和加常1号的杂交F7代群体中，有8个株系具有加常1号的背景且携带有BADH2的渗入片段。因此，这个软件为开发分子标记提供了一个有效的数据分析方法，本研究中的呈现的数据也将利用在今后的水稻分子标记辅助育种工作中。