本文针对我国新兴应用型大学“一元双重”管理体制导致的政府权力与学校权力严重失衡，政治与行政权力关系不明，行政与学术关系失调等问题，从公共事务管理角度出发，以治理理论为基础，对新兴应用型大学的治理结构进行了系统研究，旨在实现“多元协同”治理和特色发展。全文由四部分构成。　　第一，介绍了我国新兴应用型大学的办学特点、兴起过程和社会贡献，分析了我国高等教育管理体制演变过程，沿循历史与逻辑相统一原则，指出了制约新兴应用型大学发展的关键在于“一元双重”的外部管理体制和“传统守旧”的内部管理机制。　　第二，以公共管理相关理论为基础，阐述了治理理论的基本概念、主要内容、及核心特征，指出了高校管理与治理的本质区别，即:前者强调“大政府，小社会”，后者强调“小政府，大社会”。认为治理理论对新兴应用型大学的治理结构研究具有适切性。　　第三，提出了我国新兴应用型大学管理模式从“一元双重管理”向“多元协同治理”转变的思想;在外部治理上，给出了政府、社会、大学多元互动、协同治理的关系模型;在内部治理上，提出了实行董事会制度，调整学术机构，明确政治、行政、学术三者职能，实现行政与学术权力平衡的设想。　　第四，分析了新兴应用型大学“多元协同治理”的综合性和艰巨性。指出因涉及权力、利益、惯性，需要以治理理论为指导建立管理法规及制度体系，并通过控制、协调、激励等科学手段，方能确保治理过程的顺利推进和改革实效。