多肽对于调控人体的正常生理功能非常关键,因此,研究多肽与蛋白质的相互作用机制,具有十分重要的理论意义和实际意义。目前,结构生物学上的研究手段主要是通过多肽-蛋白质的对接来实现的。已有的对接方法虽然可以预测许多已知部分互作信息的多肽-蛋白质互作位点,但是,对于完全未知互作信息的多肽-蛋白质,尚没有比较可靠的方法。因此,本文创新性地提出了系统性盲对接和SP筛选法来解决上述问题。结果显示,基本上所有的入选例子通过此种方法,均能够找到最佳构象(与晶体结构对比,RMSD值小于5.5 A的构象)。此外,通过与ISR-Affinity对比分析得知,大部分结果均显示在ISR和Affinity较大的区域内,说明通过本预测方法得到的结果同时满足专一性强和亲和性强的特点。为了能够将本方法应用到药物设计中来,以HIV-1多肽抑制剂的设计为例,进一步研究了基于多肽-蛋白质对接和界面设计的药物开发研究。通过LoopModeling实现多肽的全长建模,之后基于互作界面,通过Interface Design 对己知模型进行界面设计。利用Interface Score打分函数进行计算,经PWM分析得到最终的能量排序前10%的可靠序列,为后续的实验手段提供依据,并有可能成为新的抗HIV-1多肽抑制剂。