改革开放以来,高等院校进一步发挥为社会服务的功能,利用自身优势兴办了大量的企业,特别是创办高新技术企业。这些高校校办企业经历了改革开放的洗礼,通过深入的实践的摸索,逐渐成长为具有高技术含量、高成长性和具有高经济效益和社会效益的特殊的行业,为我国的经济快速发展、社会生产力技术含量的提高和学校高科技成果转化发挥的重要作用,并且在探索中走出了一条具有中国特色的高校高科技企业发展的新路。但近几年来大部分高校校办企业在绩效评价方面存在问题,不少高校校办企业至今没有形成系统的企业绩效评价体系,这不仅直接影响到高校校办企业地的绩效提升,还成为高校校办企业的进一步健康持续发展的一大“瓶颈”。因此,在当前的形势下,针对高校发展历程和自身特色,结合高校校办企业目前的生存现状,构建一套科学的企业绩效评价体系显得非常重要。本文从高校校办企业的特殊性角度出发,设计的绩效评价体系对高校校办企业有着独特的针对性,绩效评价结果既可以为高校校办企业的新时代快发展提供现实的指导,也为高校企业提升绩效管理提供了建议供借鉴和参考。文章将先从企业绩效评价的基础理论入手,分析当前流行的绩效评价方法,并评价不同绩效评价方法的优缺点。分析高等院校校办企业的定义,紧紧抓住校办企业特色：高科技企业属性、产权的多样性、服务的社会性等,选择平衡计分卡作为绩效评价工具。然后通过文献研究方法、问卷调查方法剖析了目前高校校办企业绩效评价工作的现状及不足,重点分析高校校办企业不用于一般社会企业的独特的自身优势,并在“特”字上做文章,借鉴平衡计分卡的战略评价思想,从财务分配层面、外部利益相关者层面、内部控制流程层面、创新发展层面、社会贡献能力层面五个方面构建了一套完整的适用于高校校办企业的绩效评价体系。并以十家具有代表性的高校校办企业为样本,做了简单的绩效评价案例分析,最后为高校校办企业提升企业绩效提出了建立和完善现代企业制度、发挥高校科研优势,明确高科技产业主营业务的政策性建议。