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黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco),属鲇形目(Siluriformes),鲿科(Bagridae),黄颡鱼属(Pelteobagrus),是我国一种重要的淡水名优经济鱼类,广泛分布于黑龙江、黄河、长江及珠江各水域。黄颡鱼肉质细嫩,味道鲜美,蛋白质含量高,脂肪含量低,营养价值较高,深受消费者的喜欢。我国的黄颡鱼资源丰富,但近些年来,由于过度捕捞以及环境污染,黄颡鱼种质资源已经遭到一定程度的破坏。国内学者对黄颡鱼群体遗传结构以及黄颡鱼的育种已有一些研究,但有关于黄颡鱼新品系选育的工作尚未开展,江苏省淡水水产研究所进行了这方面的研究。本次研究采集了巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖、太湖的野生黄颡鱼,通过对黄颡鱼线粒体D-loop区和cyt b基因进行测序分析,并结合微卫星标记对这五个不同地理种群的黄颡鱼进行遗传多样性和群体遗传结构进行了研究,得出了以下的结论：1.采用线粒体D-loop区测序技术,对巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖和太湖5个地理群体的黄颡鱼遗传多样性及种群遗传结构进行了研究。结果表明：890个位点中变异位点有151个,简约信息位点24个。143个个体共检测到72个单倍型,平均单倍型多样性指数为0.951±0.011,核苷酸多样性为指数为0.00614±0.00087。鄱阳湖群体和其它4个湖泊群体的遗传距离相对比较大,滆湖和巢湖的遗传距离最小,总体遗传分化指数Fst为0.0896(P<0.01)。群体间基因流系数Nm=2.22,表明5个黄颡鱼种群间存在着一定的基因流动。2.采用线粒体DNA细胞色素b基因测序技术,对五个湖泊的黄颡鱼种群的进行了PCR扩增、测序,获得了955bp的序列。分析显示,cyt b序列中A+T含量略高于G+C含量,60个样本共检测到54个变异位点,得到37个单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性各为0.945±0.018和0.00419±0.00043,表现出中等遗传多样性。遗传距离最远的是太湖种群与滆湖种群间为0.00651,遗传距离最近是鄱阳湖种群和巢湖种群为0.00375。通过AMOVA分析表明,群体间遗传分化系数Fst为0.0684,来自群体内的变异占大部分,群体间遗传分化很小。利用cyt b序列构建UPGMA系统进化树显示,五个种群没有分化成不同的分枝谱系,种群间存在广泛的基因交流。3.利用13对黄颡鱼微卫星引物对五个黄颡鱼种群进行基因组DNA的扩增,研究长江下游五个湖泊(巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖、太湖)黄颡鱼种群的遗传多样性与亲缘关系。结果显示：每对引物等位基因(N。)3-8个,平均4.38个,平均有效等位基因(Ne)为1.22-5.43之间。五个种群的平均观测杂合度(Ho)为0.4105-0.4892之间,平均期望杂合度(He)为0.5096-0.6098之间。五个种群的平均多态信息含量(PIC)为0.46-0.55之间,巢湖和滆湖种群多态信息含量最高(PIC=0.55),鄱阳湖种群多态信息含量最低(PIC=0.46)。五个黄颡鱼种群分化系数Fst为0.0907,基因流系数为4.4347。UPGMA聚类树结果显示：洪泽湖种群和太湖种群首先聚在一起,其次和滆湖、巢湖种群聚在一起,最后和鄱阳湖种群聚在一起。此外,利用5对引物采用PCR产物直接测序的方法对100条六月龄黄颡鱼肌肉生长抑制素基因(MSTN)的全序列进行测序,获得了8个多态性较高的SNP位点,同时与黄颡鱼的体重进行相关性分析。结果显示：其中有7个位点分布于非编码区,1个位点位于编码区,但位于编码区的核苷酸突变为同一突变。在得出这8个SNP位点中有三个位点的基因型与黄颡鱼的体重有显著的相关性：IJ与体重呈正相关性,而NN和OP与黄颡鱼体重呈负相关性。在黄颡鱼育种过程中,可以尝试利用这个正相关性的位点进行分子标记辅助选育。