灰茶尺蠖病毒组及两种新的内源RNA病毒鉴定

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灰茶尺蠖(Ectropis grisescens Warren)是茶园中重要的害虫,主要危害茶树的叶片。发生严重时,会把整个茶树植株吃光。鉴于茶叶产品的特殊性,在防治灰茶尺蠖方面,侧重于选择绿色、环保型的防治方法,比如生物防治、物理防治等。用茶尺蠖核型多角体病毒(Ectropis oblique Nuclear Polyhedrosis Virus,Eo NPV)进行防治,具有一定的作用,这是昆虫病毒用于生产实际的具体体现。对昆虫病毒开展鉴定研究可为农林害虫管理提供新的生防资源和科学依据。本研究采用宏病毒组测序技术和生物信息学分析手段挖掘解析灰茶尺蠖的病毒组成情况,并鉴定发现了两种新病毒。主要结果如下:1、实验室前期从湖北省黄冈市红安县和宜昌市秭归县各采集三份灰茶尺蠖幼虫混合样品进行宏病毒组测序和生物信息学分析,经BLASTn与NCBI上登录的病毒序列数据比对,显示获得了33个病毒contig,比对到9种DNA和RNA病毒。其中,12个contig和2个contig分别与一种正单链(positive-sense single-stranded,+ss)RNA病毒(转座病毒)和一种负单链(negative-sense single-stranded,-ss)RNA病毒(正粘病毒)具有一定的相似性,但相似率很低(39.36%-68.95%),疑似为两种新的病毒。2、测序分析得到的+ss RNA病毒,用BLASTx与NCBI上登录数据比对分析,显示该病毒与转座病毒科(Metaviridae)的粉纹夜蛾TED病毒(Trichoplusia ni TED virus,Tni Ted V)相似度最高,将该+ss RNA病毒暂时命名为灰茶尺蠖TED病毒(Ectropis grisescens TED virus,Eg Ted V)。标记探针,用“过柱法”提取的灰茶尺蠖总RNA进行Northern blot,结果显示有杂交信号,表明Eg Ted V是病毒,而不是属于灰茶尺蠖基因组。用末端克隆的方法,获得Eg Ted V全长核苷酸序列为7264 nt,预测其编码四个开放阅读框(Open Reading Frames,ORF)。其中ORF A大小为1206 nt,编码EBNA-3B蛋白;ORF B大小为1071 nt,编码逆转录酶;ORF C大小为2166 nt,编码Ty3/Gypsy家族的核糖核酸酶H(RNase H)、zinc结构域整合酶、IS 481家族转座酶、逆转录酶(RT);ORF D大小为1152nt,编码杆状病毒F蛋白。将Eg Ted V全长核苷酸序列与已报道的转座病毒科中病毒序列构建系统进化树,结果显示Eg Ted V属于游移病毒属(Errantivirus)。设计检测引物,对采集于黄冈市红安县、宜昌市秭归县和杭州市的52份灰茶尺蠖样品进行RT-PCR检测,结果显示在52个样品中都检测到了Eg Ted V,检出率为100%。通过对带毒灰茶尺蠖产的卵,而后孵化的幼虫进行RT-PCR检测,结果显示Eg Ted V可以垂直传播到下一代;但在灰茶尺蠖取食后的叶片中并没有检测到Eg Ted V。此外,对其它茶树害虫,如小贯小绿叶蝉(Empoasca onukii Matsuda)和茶毛虫(Euproctis pseudoconspersa Strand),也采用RT-PCR方法进行了检测,均没有检测到该病毒存在。采用不同浓度的蔗糖层对提取的Eg Ted V的病毒粒子粗提物进行超速离心,并对不同浓度的蔗糖层进行分析。用氯仿对不同浓度蔗糖层中的样品进行抽提,经PAGE分析和RT-PCR检测,结果显示在20%、30%、40%、50%浓度的蔗糖层中均可以检测到该病毒存在。3、测序分析得到的-ss RNA病毒有两个contig序列,用BLASTx与NCBI上登录数据比对分析,显示该病毒与正粘病毒科(Orthomyxoviridae)的萤火虫类正粘病毒2(Photinus pyralis orthomyxo like virus 2)相似度最高,将该-ss RNA病毒暂时命名为灰茶尺蠖类正粘病毒(Ectropis grisescens orthomyxo virus,Eg OV)。同样标记探针,用“过柱法”提取的灰茶尺蠖总RNA进行Northern blot,结果显示有杂交信号,表明Eg OV是病毒,而不是属于灰茶尺蠖基因组。正粘病毒科病毒通常有6-8条RNA链,本实验测序得到了两条RNA链,这两条链分别有唯一的ORF,并各编码NP蛋白和PB 2蛋白。为确定Eg OV的分类地位及与其它病毒的亲缘关系,对Eg OV进行进化树分析,结果显示Eg OV与夸兰菲病毒属(Quaranjavirus)成员聚为一组,但与同属中成员的遗传距离较远。为检测不同地区样品的带毒情况,用RT-PCR检测了三个不同地区的36个样品,结果显示均检测到了Eg OV,检出率为100%。与Eg Ted V类似,Eg OV同样可以在灰茶尺蠖体内复制并且也可以垂直传播到下一代,同样在取食后的叶片中检测不到。在小贯小绿叶蝉和茶毛虫中也没有检测到EgOV存在。
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