日本沼虾(Macrobrachium nipponense)，俗称青虾、河虾，在动物分类学上属节肢动物门、甲壳纲、十足目、长臂虾科、沼虾属。日本沼虾在我国分布很广，具有生长快、繁殖力强、适应性广等特点，是目前淡水养殖业中重要的养殖对象和最有发展前途的品种之一。但近年来，日本沼虾的性状出现了退化，包括性早熟、规格变小、商品率低、抗病能力下降等，极大的影响了日本沼虾养殖业的效益。要实现日本沼虾养殖业的可持续发展，迫切需要对日本沼虾进行资源保护和遗传改良，而对日本沼虾进行遗传背景分析，研究其遗传分化情况，则是资源保护和遗传改良的基础。核rDNA的内转录间隔区(ITS)是由18S和5.8S rRNA之间的ITS-1片段和5.8S和28S rRNA之间的ITS-2片段组成。由于ITS区不加入成熟核糖体，所以受到的选择压力较小，变异丰富。另一方面，18S，5.8S和28S rDNA的高度保守性，能较方便地设计出上下游引物，而使PCR扩增得以实现。利用ITS序列的丰富变异性，可从DNA水平来分析个体间和种群间的遗传变异，为遗传育种提供背景知识。本文将ITS分析技术应用到淡水虾类的遗传研究中，对日本沼虾进行DNA水平的遗传分析。在筛选合适的引物的基础上，采用聚合酶链式反应(PCR)技术对日本沼虾的核rDNA的内转录间隔区的ITS-1进行了扩增，电泳检测得到了一条清晰的扩增产物条带。PCR产物纯化后经T载体连接、克隆和测序，用DNAStar软件拼接处理后得到长度为1763bp的日本沼虾ITS-1序列，是迄今已报道的最长的ITS-1序列，其中A，T，G，C平均含量分别为29.92％、27.71％、28.36％、14.26％，G+C的含量42.44％。日本沼虾ITS-1全序列中存在多个重复序列，其中TTTATTAAAGAAGAAA重复6次，3处存在(GA)_n重复序列，分别重复5次，6次，5次；序列比对发现共有13处碱基转换，9处碱基颠换；共发现4处存在碱基缺失，分别缺失T、GAGA、ATAAAGAGAGAAATTTXTAAAGAGAGAATTT和CAGCAGCAG；发现碱基插入2处，分别插入A和GAGAAATTTTGAAAGAGAGA。本文工作填补了日本沼虾ITS序列研究方面的空白，丰富了日本沼虾遗传背景资料，可为日本沼虾遗传育种研究提供参考。