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海岛棉是世界上最重要的栽培棉种之一,新疆作为我国唯一的海岛棉产区,优越的自然生态条件为新疆海岛棉的发展提供了得天独厚的发展优势。但多年以来,海岛棉枯萎病一直没有得到解决,究其原因,主要是缺少抗枯萎病的海岛棉品种。海岛棉抗枯萎病品种的选育主要采用传统的杂交、回交等方法,但由于海岛棉缺少抗性强、稳定性好的枯萎病抗源,同时陆海杂交后代分离大,稳定慢,加之海岛棉枯萎病鉴定易受环境条件、病原菌等多种因素的影响,海岛棉抗枯萎病育种进展缓慢。近年来分子标记技术的迅速发展,为利用现代分子育种技术与常规育种技术相结合培育作物抗病品种提供了一条新的途径。本研究利用生产上大面积推广的高产优质的感枯萎病海岛棉品种新海21与高抗枯萎病的海岛棉材料HK237进行杂交及回交,研究海岛棉枯萎病的抗性遗传规律。在此基础上,利用SSR标记初步筛选与抗枯萎病基因紧密连锁的分子标记,为后期的精细定位及分子标记辅助育种奠定基础。其主要研究结果如下：1.利用枯萎病强致病菌系对感病的海岛棉品种新海21×高抗枯萎病的海岛棉材料HK237组合的F1代、BC,代和F2代抗枯萎病性进行鉴定,统计结果表明F2代群体抗、感病株呈明显的双峰分布；F1代、BC1代和F2代抗、感病单株分离比例经卡方适合性检验表明分别符合1：0、1：1、3：1分离比例,证明海岛棉HK237对枯萎病的抗性遗传受显性单基因控制,表现为质量性状的遗传规律。2.采用BSA法对2347对SSR引物进行筛选,共获得8对在亲本及抗、感DNA池表现多态性且多态性与亲本多态性保持一致的引物,分别为NAU114、NAU3119.NAU3240.NAU5411、BNL1169、TMH05.CIR035和Gh633.利用JoinMap3.0软件分析,在最小似函数值LOD=3.0,最大遗传距离为50cM时,计算出NAU3240与抗病基因位点之间的遗传距离为19cM,该标记位于棉花D11(Chr.21)染色体区域。NAU114、NAU3119、NAU5411、TMH05、CIR035、BNL1169和Gh633与抗病基因不连锁。3.用新海21×HK237组合和新海14×HK237组合各100个单株的F2代群体进行NAU3240的应用性验证,结果表明分别有75%和74.39%的抗病单株上存在该标记,初步认为该标记可以在棉花早期作为一种选择性的标记在海岛棉抗病育种中加以应用。