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十足目是甲壳动物亚门中最具有多样化的类群之一,随着十足类分子系统学的发展,这类动物的系统演化问题一直是学术界争论的焦点。十足目被划分为2个亚目(即枝鳃亚目和腹胚亚目)的观点已被学术界广泛接受。但是,最近基于线粒体基因组的分子系统发生分析则显示这种两分支的关系很不稳定,尤其是腹胚亚目基部类群的系统学关系仍存在争议。本研究拟测定了锦绣龙虾(Panulirus ornatus)和鲜明鼓虾(Alpheus distinguendus)两种十足类线粒体基因组全序列,通过增加十足类腹胚亚目基部类群的样本量,结合已报道的线粒体基因组分子信息,构建BI和ML系统树,评估线粒体蛋白编码基因在解决十足目深层次系统发生关系方面的有效性。在鲜明鼓虾的线粒体基因组中,trnE基因同时发生了易位和倒位,通过与相关类群的tRNA基因比较,我们发现了一条假基因trnS(AGN);在锦绣龙虾线粒体基因组的非编码序列中有一个89 bp的重复序列。系统发生分析结果揭示:1)十足目是一个单系群;2)两个亚目的分支关系,以及爬行类内部各类群的单系性均得到了较高自展值的支持;3)本文研究结果提示,只有将分子系统学分析中的系统误差降低到最低限度,才有可能在基于线粒体基因组分子信息进行系统发生重建时,获得可靠的系统发生关系。