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通过构建小麦与条锈菌(Puccinia striiformis f. sp. tritici)互作cDNA文库,能够获得大量表达序列标签(Expression Sequence Tags,ESTs),对其进行分析,不仅能了解寄主与病原菌互作过程中的基因表达情况,而且可筛选到致病及抗性相关基因,这对于阐明小麦与条锈菌互作的分子机制及培育新的抗性品种具有重要意义。本实验室通过构建小麦与条锈菌亲和互作cDNA文库,获得了寄主与病原菌互作过程中表达的6002条ESTs。由于人工分析大量ESTs操作繁琐、效率低、准确率差、不能根据需要进行有针对性的分析,而且在NCBI网站进行同源性搜索时,提交处理的序列数量有限,更易受网络速度影响,为此,本研究构建了本地化的高通量ESTs分析平台,并建立了相关的本地数据库,可对获得的大量ESTs进行有效分析。分析结果如下:1构建了本地化的高通量ESTs分析平台。分析平台包括:序列前处理系统,ESTs同源性分析系统及ESTs功能注释系统。可完成大量ESTs数据从原始峰图文件到最终同源性分析及功能注释的自动化处理。通过对小麦与条锈菌亲和互作cDNA文库的大量ESTs进行分析,结果表明该系统简单、快速、有效,能够满足实验室大规模ESTs数据的分析需要。2利用该分析平台对来自本实验室构建的小麦与条锈菌亲和互作cDNA文库6002条ESTs序列进行聚类分析,共获得2746条uniseq,其中contig 610条,singlet 2136条。通过对uniseq分别进行GO(Gene Ontology)和KO(KEGG Ontology)及基于拟南芥和酵母菌蛋白数据库的功能注释,初步得到小麦与条锈菌亲和互作过程中的基因表达谱及与代谢途径相关的基因表达信息,为进一步研究基因功能奠定基础。本研究构建的本地化高通量ESTs分析平台是一个集成的生物信息学分析系统,可对实验室得到的生物数据进行多种生物信息学分析,而特定参照数据库(如真菌ESTs数据库)的加入使分析平台能够更有针对性地为实验室的寄主与病原菌互作研究服务。