长期以来,我国农业面临着小生产与大市场的矛盾,农户市场地位弱小,势单力薄、增收困难,无法保障自身的合法权益。为化解这一矛盾,中央在十六届三中全会报告中明确提出“支持农民按照自愿、民主的原则,发展多种形式的农村专业合作组织”。十六届五中全会提出要建设社会主义新农村,并明确指出“鼓励和引导农民发展各类专业合作经济组织,提高农民的组织化程度”。所以,研究农民专业合作经济组织制度,揭示其发展规律,具有重要的理论和实践意义。自1978年改革开放以来,我国农业一直采取的是以家庭承包为基础、统分结合的双层经营体制。这种经营体制的典型特征是:在农产品市场上,购买方大多是农产品经营加工企业,有较强的经济实力,是一种买方垄断的市场结构;而在农业生产资料市场上,销售方大多是有经济实力的公司和企业,是一种卖方垄断的市场结构;另外,分散的农户无力进行有一定规模的农产品加工和经营,难以延长农业生产链,分享农产品加工经营环节的利润。在上述的几种情况下,都存在着农户难以得到的“潜在利润”。所以,农户对农民专业合作经济组织制度创新有巨大的需求,这为农民专业合作经济组织制度的创新留下了空间。近年来,我国政府一直不懈地致力于农民专业合作经济组织制度方面的建设。但总体来看,我国政府对于农民专业合作经济组织的制度供给是不足的。主要表现在产权制度、分配制度和治理结构等存在缺陷;法律、政策等正式制度滞后;非正式制度缺失等。这些问题严重制约了农民专业合作经济组织的发展壮大,使农民专业合作经济组织的运作绩效(经济效益、规模效应、带动效应等)不佳。为此,必须进行制度创新,主要从以下几个方面着手:实行股金细分制度,使不同性质的的股金享有的权益也不相同。统一规范地设置资格股、投资股、捐助股,并按类设置股权。资格股是为了取得社员资格和享受合作经济组织提供的优惠服务,按合作经济组织章程规定需交纳的一定数量的股金;投资股是出资人以获得资本回报而不是取得社员资格和合作经济组织优惠服务为目的的这部分股金;捐助股,即政府、社会组织、集体经济、个人为支持合作经济组织事业发展而无偿捐助的资产。捐助股应当是既无赢余分配权,也无表决权。分配制度创新。一是建立二次分配机制。除股金分红,农民专业合作组织在年度结算时,应拿出部分利润(具体比例成员大会或成员代表大会决定),按其交易额或交易量对成员进行收益的二次分配。二是实行资格股红利制度,在合作经济组织经营盈余时,可以遵循资本报酬有限的原则,参照银行存款利率发放资格股股息(红利)。三是改革赢余分配顺序,将投资股在盈余分配顺序中则应当排在首位,且每股红利应高于资格股股息。内部治理结构创新。一是明确划分社员大会或社员代表大会、理事会、监事会各自的权利、责任和利益,从而形成三者之间真实存在的制衡关系。二是实行“双附加”制度,即有附加条件的附加表决权制度,以防止实际控制人滥用权利,使附加表决权实际凌驾于“一人一票制”的基本表决权之上,损害其他成员的利益。外部宏观制度环境创新。一是政策、法律制度环境的创新。首先,在法律层面上,应注意各项法律之间的协调与衔接,避免彼此矛盾和冲突。其次,实行以农民专业合作经济组织为单位的农村财税信贷支持政策。将原来对农民的各项补贴和优惠政策转变为以合作经济组织为单元的惠农政策,使农民专业合作经济组织成为国家财政支农的有效载体和桥梁,提高财政支农资金的有效性。三是加强农民专业合作经济组织文化建设,大力宣传合作经济组织的“我为人人,人人为我”等基本价值和理念,并以合作经济组织歌和合作经济组织训的形式代代传承。同时,对于合作经济组织事业做出突出贡献的人物要授予适当的荣誉和给予必要的奖励。