先天性心脏病相关性肺动脉高压miRNA表达差异筛选及临床价值评估

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:btxzero
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目的:本研究分析先天性心脏病相关性肺动脉高压(congenital heart disease associated with pulmonary arterial hypertension,CHD-PAH)患儿血浆中mi RNA表达改变,通过生物信息功能分析探讨表达差异的mi RNA在CHD-PAH发生、发展中的分子机制和介导途径,进一步阐明CHD-PAH的发病机制,为CHD-PAH的早期诊断、判断分期、开发新的治疗靶点提供帮助,同时分析差异表达的mi RNA与某些临床指标的相关性。研究方法:选择我院心血管中心就诊的室间隔缺损(Ventricular septal defect,VSD)患儿,根据心导管检查测得肺动脉压力分为单纯室间隔组(单纯VSD组)、肺动脉高压组(VSD-PAH组),选取我院门诊健康体检患儿作为健康对照组。采集患儿外周血2 m L于EDTA抗凝管中,常温状态下1小时内、4℃状态下2小时内进行离心,去除杂质后获取总RNA,采用Agilent mi RNA芯片杂交进行mi RNA的表达改变,经Quantile标准化对数据进行过滤,利用t检验的P值和倍数变化值进行差异基因筛选,筛选的标准为上调或下调倍数变化值≥2倍且P值≤0.05,同时采用荧光定量PCR验证差异表达mi RNA结果与芯片检查结果的一致性,通过mi RNA数据库对靶基因进行预测,对预测得到的靶基因进行GO和KEGG分析,以判定差异表达mi RNA可能影响的生物学功能或者通路,同时评估差异表达的mi RNA与临床指标的相关性。结果:1、差异表达mi RNA:单纯VSD组与健康对照组相比,差异表达mi RNA共43条,其中有20条表达显著上调,23条表达显著下调,共预测到1200个共同的靶基因,其中表达上调的mi RNA预测到靶基因635个,表达下调mi RNA的预测到靶基因565个。VSD-PAH组与单纯VSD组相比,差异表达mi RNA共3个,均为表达显著上调,共预测到45个靶基因。2、GO分析:单纯VSD组与健康对照组相比,靶基因显示其在生物学过程上主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正向调控、基因沉默相关的mi RNA的产生、投射神经元发育;在细胞组分方面,主要涉及细胞核浆、肌浆网、突触、网格蛋白包被囊泡膜;在分子功能方面,主要涉及m RNA 3’-UTR结合、细胞骨架蛋白结合、DNA特异性结合序列增强子、RNA聚合酶II近端启动子。VSD-PAH组与单纯VSD组相比,靶基因在生物学过程上主要涉及内皮细胞屏障建立、中胚层形成、Wnt信号通路正向调节、细胞周期调节;在细胞组分方面主要涉及囊泡膜、囊膜皱褶;在分子功能方面涉及c AMP结合、PDZ结构域结合、相扑连接酶活性。3、KEGG分析:单纯VSD组与健康对照组相比,靶基因主要涉及生理周期、AMPK信号通路、内源性配体信号转导通路、轴突导向、胆碱能突出、c GMP-PKG信号通路等过程。VSD-PAH组与单纯VSD组相比,靶基因主要涉及泛素介导的蛋白降解途径、紧密连接、人类嗜T淋巴细胞白血病病毒1型、Erb B信号通路、甲状腺激素信号通路、神经营养因子信号通路等过程。4、PPI网络:STRING软件及Cytoscape软件进行PPI网络构建,单纯VSD组与健康对照组的靶基因中发现了15个关键靶基因,包括RHOA、UBE2D3、TCF20、TRIM2、MRPS11、RAD23B、BTRC、MTA2、UBE2D2、TPT1、GATAD2A、HMG20A、CBX5、NCK2、RA88B;VSDPAH组与单纯VSD组相比的靶基因中发现了5个关键靶基因,分别为EFR3A、RCAN2、GSK3B、MAP3K1、MACF1。5、相关性分析:发现hsa-mi R-4793-3p、hsa-mi R-6796-3p、hsa-mi R-4440在VSD-PAH中差异表达,荧光定量PCR验证发现三种差异表达的mi RNA表达水平与m PAP均成正相关(r=0.846,0.712,0.769,P<0.05)。hsa-mi R-4793-3p、hsa-mi R-4440表达量与Cys C水平成正相关(r=0.725,0.715,P<0.05),hsa-mi R-6796-3p表达量与Cys C水平无相关关系(P>0.05)。三种差异表达的mi RNA表达量与血Na水平均无相关关系(P>0.05)。结论:在VSD-PAH患儿血清中,hsa-mi R-4793-3p、hsa-mi R-6796-3p、hsami R-4440表达水平显著上调,hsa-mi R-4793-3p、hsa-mi R-6796-3p、hsa-mi R-4440的表达水平与m PAP的升高成正相关,有望成为VSD-PAH的生物标志物。生物信息学研究发现的5个关键靶基因,或可为CHD-PAH的发病机制及开发新的治疗方案提供线索。
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