随着我国经济持续快速发展,社会主义新农村的建设,农业科研单位作为农业行业的引领者,承担着我国农业科技发展的重大任务,农业科研机构肩负着发展农业的历史使命,国家财政加大农业科研院所的资金投入力度,同时也对农业科研单位的财务管理能力提出了更高的要求。加强财务管理显得更为重要,如何运用科学的管理理念去实现财务管理的科学性、系统性,财务内部控制体系是一个新的财务管理方式。本文选取LNS农业科学院财务内部控制作为研究对象,遵循从抽象到具体,从理论到实践的思路,结合LNS农业科学院财务内部控制的现状入手,从科技项目资金管理控制、预算管理控制、固定资产管理控制、财务核算信息化控制,内部审计控制等方面存在的问题及工作难点出发,对财务内部控制中存在的问题和原因进行分析,提出合理的建议,力图完善LNS农业科学院财务内部控制,为财务内部控制与实践的结合提出借鉴。