靶向筛选HBV相关性肝细胞癌与Rab14相互作用的蛋白

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目的:采用靶向蛋白质组学方法筛选HBV相关性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)与Rab14相互作用的蛋白,采用基因本体论(gene ontology、GO)、功能聚类、信号通路和蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)等生物信息学方法分析Rab14相互作用蛋白,揭示其生物学意义,探讨Rab14参与HBV相关性HCC的生长及侵袭的可能分子机制。方法:1采用RT-qPCR和Western Blot检测HCC组织中Rab14的表达水平。2采用免疫共沉淀结合质谱分离鉴定Rab14相互作用蛋白。3利用生物信息学软件DAVID v6.7对Rab14相互作用蛋白进行GO、功能聚类、信号通路分析,用PPI网络预测软件String9.1进行PPI分析。结果:1Rab14在肝癌组织中表达明显增强(P<0.05),癌旁组织中表达较弱,正常对照组织中几乎不表达。2用靶向蛋白质组学方法在纯化的肝癌细胞中鉴定到133个Rab14相互作用蛋白。3GO分析显示,133个蛋白被聚类成13个功能相关的簇;功能聚类分析显示:具有相似结构和功能的蛋白有65个,涉及到9个功能簇:①分子伴侣;②囊泡介导转运;③细胞骨架;④GTP结合;⑤蛋白转运;⑥Ras相关蛋白;⑦跨膜转运;⑧核糖体蛋白;⑨离子转运。4Biocarta和KEGG信号通路分析显示:15个蛋白涉及到四条Biocarta信号通路:乙酰基团转运通路、细胞粘附信号通路、Rab相关信号通路、囊泡转运相关信号通路。53个蛋白涉及到七条KEGG信号通路:抗原处理和呈递信号通路、黏着连接信号通路、内吞相关信号通路、核糖体信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、肿瘤相关信号通路、MAPK信号通路。其中3个蛋白涉及到囊泡转运通路,9个蛋白涉及内吞通路,7个蛋白涉及MAPK通路。5PPI分析发现:Rab14能通过RAB5A与TFRC、AP1G1相互作用,通过AP1B1与DNM2、CLTC、FTL、TFRC相互作用,通过DNM2与CTNNA1、AP1G1、AP1B1、TF、TFRC、VCL相互作用。结论:1Rab14在肝癌组织中表达明显增强。2首次采用靶向蛋白质组学方法在HCC癌细胞中鉴定到133个Rab14相互作用蛋白。3133个蛋白可聚类成13个功能相关的簇,其涉及的主要功能包括9个方面:分子伴侣、囊泡介导转运、细胞骨架、GTP结合、蛋白转运、Ras相关蛋白、跨膜转运、核糖体蛋白、离子转运。4Rab14相互作用蛋白涉及四条Biocarta信号通路和七条KEGG信号通路。5Rab14能通过RAB5A与TFRC、AP1G1相互作用,通过AP1B1与DNM2、CLTC、FTL、TFRC相互作用,通过DNM2与CTNNA1、 AP1G1、AP1B1、TF、TFRC、VCL目互作用,调节囊泡转运、内吞过程、细胞粘附等,可能参与HCC的发生发展和转移。图10幅,表5个,参考文献71篇
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