政府投资审计是国家审计的重要组成部分,对政府公共工程项目的审计与其他审计业务项目相比,具有专业性更强、审计范围更广、涉及面更广的特点。随着2008年灾后项目审计中政府对跟踪审计的强调,全过程跟踪审计这一特殊模式日渐受到理论与实践领域的关注。经过实践检验,跟踪审计这一模式能有效检查工程项目中诸如隐蔽工程等问题,但是随着全过程跟踪审计在公共工程项目中的应用愈加广泛,问题不断出现,如跟踪审计人员缺乏工程专业知识与经验、对于工程项目的决策介入太多等,政府审计在公共工程治理中究竟应当担任什么角色?本文的研究问题为公共工程项目治理结构中政府审计的角色定位。将从治理与审计相关理论入手,讨论政府审计单位在公共工程项目治理中的角色,并引入S市文化工程项目跟踪审计案例,通过案例研究方式进一步分析跟踪审计模式下的政府审计职能,以便探究提高跟踪审计效率的途径。本文研究特色在于,基于治理理论探讨跟踪审计模式下各主体的角色分配,认为工程项目治理结构中监理单位及其政府监管机构职能“缺位”、政府跟踪审计职能“越位”是得出跟踪审计人员越权决策、审计力量不足等散乱的问题的根本原因,并提出运用市场机制和法律监管对角色定位进行纠正。本文研究得出,在公共工程项目审计中,政府跟踪审计的特点为“事前、事中监管,事后竣工决算与绩效评价”;由于跟踪审计方式涉及工程项目全过程,易出现监理单位及其政府监管机构职能“缺位”、政府跟踪审计职能“越位”,导致跟踪审计受专业、技术之限,效率降低：为保证跟踪审计模式的优势得以发挥,首先应解决监理单位及其监管政府机构职能“缺位”：一方面应规范监理市场,建立良好的市场机制;另一方面应当健全法律法规,建立强有力的监督约束机制,推行问责制,督促各方各司其职。其次,应及时合理调整政府审计单位监管范围,通过与监理单位等中介机构的合理分工,提高跟踪审计效率。