椰子为多年生热带特色木本油料作物,具有极高的经济价值,果皮颜色是其重要品质性状,椰子果皮颜色丰富多样。为揭示椰子果皮颜色的形成基础和调控机制,本实验以褐矮、绿矮、红矮和黄矮4种不同颜色椰子及其套袋果的外果皮为主要实验材料,对4个品种椰子外果皮进行总叶绿素提取、类黄酮和类胡萝卜素代谢组检测和转录组分析;主要研究结果如下:（1）代谢组共检测到13种类胡萝卜素和221种类黄酮代谢物,其中,在褐矮、红矮和黄矮与绿矮的比较组内筛选到的差异类黄酮代谢物数量分别有82个、54个和75个,差异代谢物上调均超过88%,主要为黄酮、黄酮醇、黄酮碳酸苷和花青素等花色苷合成过程中的重要物质。褐矮椰子中的芍药花青素含量显著高于其他3个品种,而天竺葵素在绿矮椰子外果皮中含量最丰富。褐矮椰子外果皮中的飞燕草糖苷、矢车菊素糖苷和天竺葵素糖苷的含量整体上显著高于其他3个品种。（2）4个不同品种椰子外果皮中的类胡萝卜素主成分为β-胡萝卜素和叶黄素;褐矮椰子和红矮椰子外果皮中的α-胡萝卜素、α-隐黄质、β-胡萝卜素、β-隐黄质、γ-胡萝卜素和番茄红素的相对含量显著高于绿矮椰子和黄矮椰子,而绿矮椰子外果皮中的叶黄素、紫黄质、新黄质和花药黄质含量显著高于褐矮、红矮和黄矮3个品种;玉米黄质仅在绿矮椰子和黄矮椰子外果皮中检测到;而绿矮椰子中的叶绿素含量显著高于其他3个品种。（3）褐矮、黄矮、红矮和绿矮椰子果实套袋后外果皮分别由褐色、黄色、红色和绿色退变为乳白色或淡黄色,且类胡萝卜素各成分均发生显著的降低;其中红矮椰子套袋果实外果皮中未检测到八氢番茄红素,玉米黄质在套袋后的4个品种椰子外果皮中含量均降为0。（4）转录组测序分析结果表明,品种间共计有1835个差异表达基因,筛选部分差异基因进行实时荧光定量表达验证,结果与转录组结果基本一致;其中玉米黄质、紫黄质和新黄质合成中的关键基因ZEP基因在绿矮椰子中的表达量最高,花青素合成途径中的ANS基因在黄矮和绿矮椰子中表达量较高。（5）转录组与代谢组联合分析表明,MYB类基因CCG009411.1和CCG003753.1是类胡萝卜素生物合成途径中的关键调控基因;CCG01867.1和CCG023098.1基因是椰子外果皮矢车菊素合成途径中的候选关键基因,而CCG000421.1、CCG000515.1、CCG018191.2、CCG024567.1、CCG002218.1为椰子外果皮花青素生物合成中锦葵色素苷生物合成中关键调控转录因子基因。