改革开放30年以来,粤港澳经济合作十分密切,粤港澳的制造业的合作发展极大促进了珠江三角洲经济的发展。然而,粤港澳的制造业合作总体上层次较低,面临“低端锁定”和“前店后厂”模式的路径依赖,现在已经到了创新和转变经济增长方式的新阶段。CEPA协议的签订,给港澳制造业企业进入内地市场提供了便利的平台,合作创新的步伐随之加快,合作的档次随之提高。本文通过研究粤港澳制造业合作创新的现状以及当前国内外的客观经济形势,得出粤港澳制造业必须合作创新的结论。同时分析了粤港澳制造业合作创新的有利条件和制约因素,透析国内外产业合作案例的成功经验,揭示区域合作中产业发展的规律性和丰富区域经济的理论体系,同时研究和揭示在“一国两制”原则下,国家主体与其独立关税领土之间制造业合作创新的特点和规律性。最后通过研究各方观念的协调、合作各方局部利益的平衡、合作各方资源的有效配置与整合、合作创新运作机制的建立等,提出粤港澳制造业合作创新应采取的对策措施。