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马立克氏病(Marek’s Disease, MD)是一种鸡的淋巴细胞增生性疾病，其病原为马立克氏病毒1型（MDV1)。MDV1又被称为禽疱疹病毒二型（Gallid herpesvirus type2, GaHV-2），属于疱疹病毒科，马立克病毒属。MD呈世界范围内的流行状况，给养禽业造成巨大的经济损失。MD在中国时有发生，免疫鸡群也常有MD发病的报道。近年来，一些MDV1的分子流行病学研究显示：中国MDV1毒株在进化上成独立的一个分支。然而，所有的研究都是基于meq，pp38等个别基因，国内MDV1毒株的遗传背景仍很模糊，尤其是尚未有MDV1强毒株全基因组序列的报道。2007年，我们于中国西南某免疫后发病鸡群分离出一只MDV1毒株，命名为LMS。攻毒实验表明LMS分离株的毒力与标准超强毒株Md5相似。复制动力学实验也表明，LMS分离株在体内具有典型的超强毒的复制特点。为了进一步了解LMS的分子遗传特性，我们对LMS分离株的全基因组序列进行了测定。本实验应用72对引物对MDV1LMS分离株基因组进行了分段扩增与序列测定，在此基础上获得了LMS分离株基因组全序列（genebank登录号：JQ314003）。使用Dnastar、Bioedit、Mega、Emboss等生物信息学软件和网站对MDV1LMS分离株的基因组序列进行了遗传进化分析、开放阅读框（ORF）预测、单核苷酸多态性（SNP）分析、非编码区变异分析。共选用25条不同地区和时期的MDV1序列（包括10条MDV1基因组序列）参与生物信息学比对。LMS分离株基因组全长177,526bp，具有E型α疱疹病毒典型的基因组结构。LMS分离株基因组预测包含197个ORF，其中90个ORF与国外毒株同源ORF的相似性较低（一致性<98%）。变异较大的ORF有： MDV086.4， MDV001/MDV080， MDV003.6/MDV078.2，MDV005.5/MDV077.91，MDV081.5/MDV102.5和MDV086.2/MDV97.6。LMS分离株的毒力基因和致瘤基因未发现较大变异。与国外参考毒株比较，LMS分离株存在有22处特有的非无义单核苷酸突变，分布在MDV005/MDV076等15个ORF中。LMS分离株潜伏相关转录本（Latency-associated transcripts，LATs）编码序列的预测转录起始位点位置存在29bp缺失；LMS分离株在α样序列内存在一个新的短重复序列。LMS分离株基因组重复区和短独特区的交界区也与参考毒株存在差异。进化分析表明LMS分离株与648Ap80和欧洲毒株pC12/130的亲缘关系最为接近。LMS分离株与国外强毒株相似度均在90%以上，表明MDV1在不同地域进化保守。本研究首次对国内的MDV1强毒株进行了测定和分析，并比较了国内强毒株和国外强毒株在基因水平上的差异，为我国MDV1流行毒株的分子遗传特性的研究，以及MDV1的防控提供了重要参考。