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MicroRNA（miRNA）是一类调控基因转录后表达非编码的小分子RNA，它在生物发育、细胞增殖以及胁迫响应等过程中发挥着重要的调控作用。目前，分离和鉴定miRNA的方法主要包括直接克隆法和生物信息学方法。部分miRNA存在表达丰度低，表达组织特异性，以及受特殊诱导等问题，用传统的实验法常难发现和鉴定这类miRNA。通过生物信息学方法在已有的各种基因库中寻找未知miRNA，大大提高了人们发现miRNA及其靶基因的效率。马铃薯（Solanum tuberosum）是一种种植十分广泛的作物，是欧洲、美洲等地人们的主食，也是生产淀粉和生物能源的重要原料。目前对植物miRNA的预测研究还只是集中在一些模式植物中，对马铃薯等其他作物还鲜有涉及。本文中，我们以公布的拟南芥、水稻以及其它植物的miRNA序列为基础，搜寻马铃薯植物同源miRNA及其靶基因，所需的数据主要来源于GenBank上的EST及mRNA数据库。研究采用生物信息学手段，首次在马铃薯中预测到了22个潜在miRNA。并且用预测的22个miRNA进一步预测相应的靶基因，结果得到了75个靶基因。通过对靶基因的功能研究发现，许多靶基因与马铃薯的发育，信号转导，胁迫响应等密切相关。同时基于RT-PCR的方法，对马铃薯pre-miRNA进行了根、茎、叶组织特异性表达实验。并发现每种miRNA在不同的器官中表达量不一致。本文同时构建了pre-miR172和pre-miR399b的过表达载体，以期继续探究miR172和miR399b在马铃薯中的调控作用。本研究对于研究马铃薯miRNA调控机制具有重要的意义，同时对预测和鉴定其他物种miRNA具有一定的借鉴意义。