高毒力肺炎克雷伯菌分子特征研究及某院呼吸科痰培养细菌耐药性分析

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhiqi_xu
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高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKp)对人们的健康构成了重大威胁,同时具备高毒力和耐药性的肺炎克雷伯菌更为临床治疗带来极大挑战,本研究就河北地区hvKp临床分布与分子特征进行研究,为该地区hvKp的鉴定、临床诊断与治疗提供依据;同时,通过全基因组测序解析介导一株耐药高毒力肺炎克雷伯菌多耐药和高毒力表型的遗传结构。呼吸科是发生感染的主要科室,而痰标本是呼吸科主要的病原菌分离来源,本研究对2014—2018年河北北方学院第一附属医院呼吸科痰培养细菌的分布及耐药性进行分析,旨在为临床合理用药及准确预测治疗效果提供依据。论文第一部分,本研究就河北地区hvKp的临床分布与分子特征及全基因组测序进行分析。首先,通过检测高毒力相关基因确定hvKp;“拉丝”实验确定高黏性菌株;Logistic回归分析确定hvKp感染的危险因素;VITEK(?)2 Compact全自动微生物分析系统测定菌株的抗菌药物敏感性;采用PCR方法检测菌株荚膜血清型;对hvKp菌株进行脉冲场凝胶电泳分型技术(PFGE)分析。结果显示2015年该院共分离肺炎克雷伯菌113株,其中59(52%)株菌为hvKp。临床特征分析结果初步显示,与经典肺炎克雷伯菌(classical Klebsiella pneumoniae,cKp)感染患者相比,hvKp感染患者的平均年龄更高、多形核细胞计数更高;hvKp具有更高的抗菌药物敏感性。检出一株产ESBLs-hvKp。59株hvKp的荚膜血清流行型为K2、K1和K57;PFGE结果显示59株hvKp可以分为51个带型,形成6个PFGE簇A、B、C、D、E、F。同时,本研究进一步对实验室筛选到的一株多耐药hvKp(K.pneumoniae 1693)采用肉汤微稀释法进行药敏测定,通过“拉丝”实验和小鼠全身感染模型检测菌株的毒力,通过三代全基因测序技术及相关软件注释基因组,通过MEGAX软件最大似然法(maximum-likelihood method)构建基于repA1基因的质粒同源进化树。结果显示,菌株Kpn1693对多种抗生素耐药,表现出多耐药表型;毒力检测实验显示Kpn1693呈“拉丝”实验阳性,在小鼠全身感染模型中表现出高毒力表型;全基因组测序显示Kpn1693基因组包含一个环状染色体和两个环状质粒,IncHI1B/IncFIB型质粒pKpn1693-Vir与高毒力质粒pK2044具有高度相似性;IncFⅡ型质粒pKpn1693-CTXM携带整合在ISEcp1样元件上的blaCTX-M-24基因,该质粒可能由IncFⅡ型质粒通过移动元件募集blaCTX-M-24基因而形成。据我们所知,菌株Kpn1693是携带blaCTX-M-24基因IncFⅡ型质粒的多耐药hvKp的首次报道。论文第二部分,本研究对2014—2018年河北北方学院第一附属医院呼吸科痰培养细菌的分布及耐药性进行了分析。通过BDPhoenixTM-100全自动微生物鉴定药敏分析系统测定菌株对抗菌药物的敏感性,并采用WHONET 5.6软件对数据进行分析。结果发现2014—2018年该院呼吸科分离痰培养细菌共1268株,其中革兰阴性菌株1160株(91.5%),革兰阳性菌株108株(8.5%)。检出率最高的前五位是肺炎克雷伯菌(15.9%,202/1268)、铜绿假单胞菌(10.4%,132/1268)、产酸克雷伯菌(10.4%,132/1268)、鲍曼不动杆菌(9.8%,124/1268)及阴沟肠杆菌(8.9%,113/1268)。革兰阴性菌对氨苄西林、头孢唑林、氨苄西林/舒巴坦、阿莫西林/克拉维酸的耐药率较高,分别为 72.2%(255/353)、55.6%(293/527)、47.8%(367/767)、46.8%(252/538),对黏菌素、阿米卡星、美罗培南、亚胺培南的耐药率较低,分别为 3.5%(39/1101)、5.6%(61/1082)、6.4%(68/1065)、7.7%(83/1081)。革兰阳性菌以葡萄球菌属占比最高为75%(81/108),耐甲氧西林葡萄球菌的检出率有不断增加的趋势。综上,该院hvKp检出率较高,初步推测年老者及高PMN细胞计数患者易感hvKp,产ESBLs-hvKp的出现表明对hvKp进行流行病学监测具有重要意义。菌株Kpn1693为多耐药hvKp,含有pK2044样毒力质粒和携带blaCTXM24基因IncFⅡ型质粒,该菌株是携带blaCTX-M-24基因IncFⅡ型质粒的多耐药hvKp的首次报道。2014—2018年河北北方学院第一附属医院呼吸科痰培养细菌主要以革兰阴性菌为主。革兰阴性菌对抗生素的耐药率呈现先下降再升高的趋势,这说明临床抗生素的管控需要严格并长久地执行。
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