ABEEMσπ方法应用于蛋白质分子中的谷氨酸和天冬氨酸残基pK_a值的快速估算

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解离常数pKa是用来描述物质在水溶液中得失质子程度的物理量。通过离子残基的pKa值能够了解蛋白质的pH依赖性的特点和一些酶的催化机理。本文探讨了电荷分布与实验pKa值的关系,得到了它们间的线性方程,依据该线性方程,预测出生物大分子蛋白的氨基酸残基的pKa值。具体内容如下:本文选用一些含羧基官能团的离子和分子,探究它们的实验pKa值与ABEEMσπ原子电荷的线性关系。选择HF计算方法和STO-3G基组,计算得到分子的Mulliken电荷分布,依据最小平方法,使用线性回归,调节和拟合出这些含羧基离子和分子的原子-键电负性均衡参数(价态电负性χ*、价态硬度2η*和参考电荷q*)。使用该参数和以前的参数,计算出它们的ABEEMσπ电荷,并得到这些分子的实验pKa值和ABEEMσπ电荷的线性方程。对于羧酸分子,qO1与pKa的线性方程pKa=-22.053qO1-4.3717;对于羧酸根负离子,qAC与p Ka的线性方程pKa=-6.9562qAC-3.2887。使用这两个方程,可预测这类体系的pKa值。使用上述电荷与pKa值的线性方程,预测生物大分子蛋白中Asp和Glu氨基酸残基的pKa值。一共探究了15个生物大分子蛋白质,包括3个溶菌酶(7LYZ、1HEL和2LZT)、硫氧还蛋白还原酶(1TRW)、硫氧还蛋白氧化酶(1TRS)、卵类粘蛋白(1OMU)、牛胰抑制酶(5PTI)、链球菌蛋白G(1PGA)、人类免疫缺陷病毒蛋白酶(1HPX)、重组人胰岛素(1MHI)、火鸡蛋清卵粘蛋白(2OVO)、氧化型硫氧还原蛋白(1ERU)、还原型硫氧还原蛋白(1ERT)、牛胰核糖核酸酶(3RN3)和结核菌素纯蛋白衍生物(1DE3)。使用ABEEMσπ方法,快速计算出这些生物大分子的电荷分布,收集Asp和Glu氨基酸残基的相关电荷(qAC)。使用上述的线性方程,计算出这15个生物大分子蛋白中的Asp和Glu氨基酸残基的pKa值,这些预测的p Ka值接近于它们的实验pKa值。概括来说,采用原子-键电负性均衡方法能够准确、较快预测分子中原子的电荷。使用本文所拟合的pKa实验值与分子中某些原子的电荷线性方程,就能够预测出该蛋白中所含有的Asp和Glu氨基酸残基的pKa理论值。为快速估算蛋白质氨基酸残基的pKa值,提供一种可实用的方法。
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