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目的:由于目前对叶百部野外挖掘严重,在野外寻找到大的自然居群变得越来越困难,考虑到对叶百部为根入药的植物,被挖掘后容易导致区域性的灭绝。因此,本研究旨在从分子角度对对叶百部遗传特征进行分析、分类并探讨其与近缘种的亲缘关系,以期为后续引种栽培及根类药植物资源的持续利用,对叶百部特异生物碱的筛选及其运用于化学分类,以及道地药材产区的科学选择提供遗传学上的基础及技术指导。方法:使用试剂盒法提取植物材料DNA,单因素法建立和优化ISSR-PCR反应体系,使用ISSR分子标记技术及DNA条形码技术对不同居群对叶百部进行遗传多样性分析、序列差异分析、聚类分析等。结果:1.对提取方法中的改良CTAB法、试剂盒法以及对叶百部不同提取部位进行考察,从DNA的纯度、产率、及时间等较多方面的考虑,最终选择使用试剂盒法及叶片对本研究植物材料进行DNA提取。2.通过单因素法,对对叶百部ISSR-PCR反应体系进行建立及优化,得到最优体系为模板DNA 30ng、ISSR引物0.4μmol/L、dNTP 0.15mmol/L、镁离子2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U,双蒸水补足至25μL。3.在哥伦比亚大学公布的100条通用引物中筛选出7条用于对叶百部ISSR-PCR扩增,7条引物总共扩增出74条条带,多态性条带为74条,多态性比率100%。4.将ISSR扩增后产生的条件建立1/0矩阵,通过POPGENE32软件计算有效等位基因数(ne)、Nei’s遗传多样性系数(h)、Shannon遗传多样性系数(I),其平均值分别为1.5347、0.3189、0.4841,表明对叶百部具有较高的遗传多样性。通过UPGMA法构建基于SM遗传距离的聚类分析图,聚类分析结果可以将对叶百部与近缘种蔓生百部、直立百部、细花百部分开,对叶百部居群可以分为三类,第一类包括了广西河池、百色,云南文山、西畴,贵州关岭、西秀区;第二类包括了广西凭祥、龙州、大新,武鸣,东兴、防城区以及海南陵水;第三类是剩下的居群,包括广东、湖北、湖南、福建、江西、四川、重庆及广西桂林、海南白沙。5.通过对不同居群叶绿体片段psbA-trnH的对比,对比后长度为946-956bp,序列长度的差异主要表现在碱基的缺失与插入。其中对叶百部序列长度为946-951bp,蔓生百部序列长度为946bp,直立百部序列长度为955bp,细花百部序列长度为950-961bp。变异位点为56bp,占全长的5.66%;保守位点为914bp,占全长的92.42%;简约信息位点为20bp,占全长的2.02%。6.使用MEGA5对不同样品间两两K2P遗传距离进行计算,遗传距离最大的产生在直立百部与对叶百部之间,为0.031;距离最小的为0,发生在对叶百部种内。对叶百部种内的平均K2P遗传距离为0.003,对叶百部与蔓生百部、直立百部、细花百部的平均种间K2P遗传距离分别为0.005、0.029、0.014。7.基于K2P遗传距离建立NJ、UPGMA系统发育树,结果表明直立百部序列与其他差异大,细化百部能单独聚类,在对叶百部种内也存在着一定的分型。结论:从分子的角度揭示了对叶百部具有较高的遗传多样性,其居群间的亲缘关系与地理位置有一定的关联,叶绿体psbA-trnH片段可以鉴别对叶百部与其近缘种,本研究结果可以为后续引种栽培及根类药用植物资源的持续利用,对叶百部特异生物碱的筛选及其运用于化学分类,以及对叶百部道地药材产区的科学选择提供一定的遗传基础及技术指导。