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工作目的肺癌是我国最常见的恶性肿瘤之一,关于晚期非小细胞肺癌患者的诊断及治疗是临床中面临的主要问题。本研究采用二代测序法对晚期非小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液及配对标本进行常见驱动基因突变检测,从而探讨晚期非小细胞肺癌患者恶性胸腔积液与配对组织标本、血浆标本之间阳性率的比较,比较三种标本检测基因突变的优劣,并分析恶性胸腔积液中检出基因突变阳性的患者使用相应靶向药物治疗后的临床疗效分析。研究方法收集2014年6月-2016年12月在浙江省肿瘤医院和南京军区总医院就诊并确诊的晚期非小细胞肺癌患者56例(每例患者留取血液标本10ml,恶性胸腔积液标本250-500ml)。采用ARMS法和二代测序法检测56例患者EGFR和ALK基因变异。所有56例晚期NSCLC患者胸腔积液标本,34例配对血浆标本,33例配对组织标本均二代测序法检测常见驱动基因突变状态,并分析比较三种标本检测结果及相应靶向治疗的疗效。结果ARMS法和二代测序法检测56例患者EGFR基因突变率分别为50%和53.6%,两种方法阳性率分别为53.6%和50%,与ARMS法相比,二代测序法检测EGFR基因突变的敏感性达86.7%,特异性达92.3%,ARMS法检出ALK融合改变患者为3例,NGS法检出4例ALK融合改变,包括1例HIP1-ALK融合改变。56例患者恶性胸腔积液标本中,34例有配对血浆标本,33例有配对组织标本,二代测序法分别检测三种标本的常见驱动基因突变情况。34例胸水及血浆标本中检测出EGFR基因突变一致性为82.3%。33例胸水与组织标本里检测出EGFR基因突变一致性为66.7%。56例中有31例接受EGFR-TKI药物治疗,胸水与血浆分组中双部位阳性患者与单一部位阳性患者接受EGFR-TKI药物治疗疗效显示,两组患者PFS在统计学上无明显差异(12.1个月,18个月,P=0.246)。胸水与组织标本分组中双部位阳性患者与单一部位阳性患者接受药物治疗疗效显示,两组患者PFS在统计学上无明显差异(10.0个月,6.1个月,P=0.383)。二代测序法检测EGFR突变丰度以10%和50%为临界值,分别比较两组患者接受一线EGFR-TKI治疗疗效显示,两组不同丰度(10%,50%)患者的PFS均无明显差异(P=0.830;P=0.739)。7例EGFR双位点突变患者和24例单位点基因突变患者接受EGFR-TKI治疗,两组的中位PFS(3.8个月和13.0个月,P=0.253)比较无统计学意义。相比于ARMS法,二代测序法可以发现更多少见及罕见基因突变。结论与传统的ARMS方法比较,基于二代测序的技术检测胸腔积液标本是可行的,且能够指导靶向药物治疗,并能够发现部分ARMS法未检测到的驱动基因。与组织标本相比,胸水及血浆检出EGFR突变一致性较高,或可与组织标本进行补充检测。