血清型1,2,6,7胸膜肺炎放线杆菌多重PCR检测方法的建立及应用

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胸膜肺炎放线杆菌是引起猪出血性、纤维素性胸膜肺炎的高度传染性致死性病原菌,给我国养猪业带来了巨大的经济损失。由于胸膜肺炎放线杆菌血清型多且各个血清型交叉保护弱,给本病的预防和控制带来了巨大困难。本试验根据胸膜肺炎放线杆菌种特异性外膜脂蛋白基因(OmlA)和血清型1,2,6,7荚膜多糖生物合成基因(CPS)分别设计引物,建立各单重PCR并优化条件,然后在此基础上建立多重PCR,对其特异性和敏感性进行检测,并应用于临床病料检测。 1 引物设计 参考GenBank中胸膜肺炎放线杆菌OmlA基因和CPS基因序列,分析其同源性,用Array Designer2.0软件针对OmlA两端保守基因,血清型1,2,6,7 CPS特异性区域分别设计引物,并对设计出的引物进行二聚体、同源性,互补性分析,同时对扩增序列进行同源性和互补性分析,确定5对引物,预扩增OmlA 952bp,CPS1 630bp,CPS2 504bp,CPS6 720bp,CPS7 389bp片段。 2 单重PCR 利用设计的引物分别对OmlA基因,血清型1,2,6,7 CPS基因进行PCR扩增,优化Tm值,引物浓度,Mg2+离子浓度,并对敏感性和特异性进行检测。结果在如下体系10×buffer(Mg2+-Free)5μl,25mM Mg2+ 3μl-6μl,2.5mM dNTP4μl,25/2pmol/ul上下游混合引物1.5μl-3μl,5u/μl Taq DNA聚合酶0.4μl,DNA模板5ul,最后用无菌去离子水补至50μl;反应程序为94℃预变性4min,94℃变性45s,52℃-58℃之间复性45s,72℃延伸1min,共35个循环,最后72℃延伸10min,4℃保存中都能扩增出预期的OmlA 952bp,CPS1 630bp,CPS2 504bp,CPS6 720bp,CPS7 389bp片段。对APP血清型1-4,6-10进行扩增,OmlA-PCR均能扩增出953bp片段,CPS1,CPS2,CPS6,CPS7 PCR分别只能扩增出预期的相应片段;对猪副嗜血杆菌、猪肺炎支原体、多杀性巴氏杆菌、肠炎沙门氏菌、猪链球菌、大肠杆菌和猪丹毒杆菌进行扩增,各PCR均不能扩增出任何片段。对各PCR敏感性进行检测,均能扩增出10pg的DNA量。 3 多重PCR 在单重PCR基础上,通过优化退火温度,引物浓度,镁离子浓度,建立即可对APP进行定性检测又同时可对APP血清型1,2,6,7进行定型检测的多重PCR方法。其优化的体系为10×buffer(Mg2+-Free)5μl,25mM Mg2+ 4μl,2.5mM dNTP 4μl,25pmol/ul OmlA上下游混合引物2μl,其它型上下游混合引物各1.5ul,5u/μl Taq DNA聚合酶0.3μl,DNA模板5ul,最后用无菌去离子水补至50μl;反应程
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