在知识经济时代，科技和人才是衡量一个国家综合实力的重要指标。而高等院校是进行科学研究和人才培养的主要基地，承担着培养高素质专业人才、发展科学技术、推进技术创新的重大任务。高等院校在国家经济社会发展中扮演着举足轻重的地位。　　我国非常重视高等学校的发展，投入了大量的资源。高校的办学规模正在不断扩大。高等教育得到了空前的发展，逐渐步入大众化教育阶段，但是在取得一些不菲的成绩的同时存在一些资源浪费现象。资源是有限的，单纯依靠资源的投入并不是长久之计。如何利用有限的资源培养更多的人才、获得更多科技产出，提高效率是关键。　　DEA是一种重要的效率评价方法，能够处理多投入、多产出、指标没有统一纲量的问题。本文采用DEA方法来分析高校科学研究效率、人才培养效率和整体效率。结合投入产出要素是可控变量还是不可控变量、评价目的是投入导向还是产出导向等因素，根据评价对象的性质选择相应的DEA模型。　　本论文做了以下工作。首先阐述了高校评价相关指标和方法、高校效率评价的含义及现有研究概述、数据包络分析方法的理论研究和应用研究以及网络DEA概述。接着，按照DEA方法评价的步骤阐述了基于DEA的高校整体效率评价过程。出于同类性的考虑，选择了第一期985高校中的29所作为评价对象，详细地分析了高校的投入和产出要素，从而构建高校效率评价指标体系，并按照高校的特点构建了高校整体效率评价的网络模型，挑选与评价对象相匹配的DEA模型进行分析。然后，根据以上构建的指标体系和匹配的DEA模型，对29所高校科学研究过程、人才培养过程做了效率分析和投影分析，为非DEA有效的高校找出改进方向。还利用具有不可控变量的DEA模型探讨了教育经费和科研经费的使用效率。最后结合以上的分析按照高校整体效率评价的网络结构对高校整体效率进行评价。　　本文评价了高等学校的科学研究效率、人才培养效率以及整体运作效率，并对效率未达有效的高校找出效率低下的原因，提出改进的方向，有利于高校充分利用资源、合理配置资源，提高教育和科研的产出。本文构建的高校网络整体效率评价模型包括能力形成过程、科学研究过程和人才培养过程，与经典的DEA相比，打开了黑箱，考虑了系统内部的网络结构，能够更科学地评价高校的整体效率，具有重要的理论意义和现实意义。