研究目的:　　 本论文对2009～2010年中国广东省珠海市的12株新甲型H1N1流感病毒分离株进行了全基因组序列测定,并对12株病毒全基因组(8个基因)的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性进行了分析和比较,同时应用遗传进化树理论对各基因的来源及其分子遗传衍化规律进行研究。　　 研究方法:　　 本实验所用12株新型甲型H1N1流感病毒分离株均在狗肾传代细胞(Madin-Darby canine kidney,MDCK)细胞中扩增培养,从病毒感染的细胞悬液中直接提取核酸。应用Oligo(6.0版本)引物设计分析软件设计所有8个基因片段的特异性聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)引物,通过反转录-聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT—PCR)方法扩增12个毒株各基因片段的互补DNA(complementary DNA,cDNA),PCR产物经分离纯化后进行序列测定,然后应用ContigExpress软件进行序列的拼接,获得各株病毒的全基因组序列信息后用Megalign软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析。同时从GenBank中下载了H1N1亚型经典猪流感毒株、H1N1亚型禽源猪流感毒株、H1N1型季节性人流感毒株、H3N2型季节性人流感毒株、禽流感毒株以及新甲型H1N1流感疫苗株,用MEGA4.0软件分析不同毒株各基因同源性,绘制进化树,以阐明珠海地区新甲型H1N1流感病毒分离株的基因来源和遗传衍化规律。　　 研究结果:　　 12株新型甲型H1N1流感病毒分离株的基因片段来源有H1N1经典猪流感病毒、禽源猪流感病毒、禽流感病毒和季节性H3N2流感,说明本次的新甲型H1N1流感是四源重组病毒。本文所研究的新甲型H1N1流感珠海流行株之间的同源性总体较高,未发生大面积的基因突变。通过对血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白与疫苗株的抗原位点比较发现,12株病毒中仅有2株的202位氨基酸由S变为N,说明HA的抗原性变异较小,不影响疫苗的有效性。另外从裂解位点的分析来看,各株病毒均未出现高致病性病毒的特点。氨基酸序列比对发现本次流行株对抗流感药物达菲仍然敏感,而对金刚烷胺则具备抗药性。　　 研究结论:　　 本文所研究的12株珠海市新甲型H1N1流感病毒是四源重组的弱毒猪流感病毒,在流行过程中一直保持弱毒性,且未发生大面积的基因重组。其可能在某种机会下感染了人源流感后获得了在人群中迅速流行的分子基础。