兰州大尾羊具有耐粗饲、饲料利用率高、适应性强、肉质鲜美等特点,尤以尾大而著称。本研究对3只兰州大尾羊皮下脂肪组织、内脏脂肪组织以及肌肉组织进行转录组测序和基因差异表达分析,利用生物信息学技术筛选出不同部位脂肪组织间的差异表达基因,并对其进行功能注释及通路分析,从转录组层面揭示兰州大尾羊不同部位脂肪组织间的差异,进一步挖掘出与肉品质相关的基因,为绵羊育种提供参考。本研究主要结论如下:(1)构建了三种不同部位脂肪组织9个cDNA文库,并完成转录组测序。样品的Clean ratio均在77.9%以上,GC含量均在49%左右,Mapping ratio均在74.43%以上。(2)兰州大尾羊皮下脂肪组织与肌肉组织中共得到4620个差异表达基因,其中上调基因有3642个,下调基因有978个;内脏脂肪组织与肌肉组织中共得到6214个差异表达基因,上调基因有5156个,下调基因有1058个;内脏脂肪组织与皮下脂肪组织共得到2504个差异表达基因,其中有1398个上调基因,1106个下调基因。(3)差异表达基因的功能注释与统计:兰州大尾羊皮下脂肪组织与肌肉组织差异表达基因共分类到63个条目中,其中生物过程27个、细胞成分21个、分子功能15个;内脏脂肪组织与肌肉组织差异表达基因共分类到63个条目中,其中生物过程27个、细胞成分21个、分子功能15个;内脏脂肪组织与皮下脂肪组织差异表达基因共分类到62个条目中,其中生物过程26个、细胞成分21个、分子功能15个。皮下脂肪组织、内脏脂肪组织、肌肉组织的差异表达基因在生物过程、细胞成分和分子功能三个GO本体中所占比例最高的条目相同。在生物过程GO条目中,差异表达基因所占比例较高的条目为细胞过程、单一生物过程以及代谢过程等;在细胞成分GO条目中,细胞、细胞组分和细胞器等条目中差异表达基因的数目较高;在分子功能方面,结合以及催化活性等条目中差异表达基因的比例则较高。皮下脂肪组织与肌肉组织差异表达基因中共有3968个被注释到3434个GO条目中,内脏脂肪组织与肌肉组织差异表达基因中则有5395个被注释到4258个GO条目中,而内脏脂肪组织与皮下脂肪组织差异表达基因中的2143个被注释到2541个GO条目中。(4)通过KEGG富集分析,兰州大尾羊皮下脂肪组织、肌肉组织和内脏脂肪组织的差异表达基因主要富集到内分泌系统、免疫系统、碳水化合物代谢、脂质代谢、氨基酸代谢、折叠分类和降解、信号转导以及运输分解等KEGG通路中。通过KEGG功能注释,兰州大尾羊皮下脂肪组织与肌肉组织差异表达基因中有1156个富集到290个KEGG通路;内脏脂肪组织与肌肉组织差异表达基因中有1739个富集到298个KEGG通路;内脏脂肪组织与皮下脂肪组织差异表达基因中有729个富集到281个KEGG通路。(5)通过对差异表达基因进GO功能分析和KEGG通路分析,筛选出了SCD、FASN、ACACA、AGPAT2、PCK、FABP5、CPT1B等与脂肪代谢相关的基因和与肉品质性状相关的脂类代谢、糖酵解途径等通路,初步揭示了兰州大尾羊不同部位脂肪组织间与肉质性状相关基因表达差异,为肉羊育种提供参考。