本实验以10个辣椒品系、9个杂交组合为材料,测量统计辣椒的单株初期产量、果重、净光合速率、VC含量等21个农艺性状和生理形态指标,对其各个性状进行了相关性和杂种优势分析,同时应用ISSR标记法分别对19个辣椒材料进行亲缘关系的鉴定；得出以下实验结果：1.辣椒各个性状之间存在显著的相关性,辣椒的单株产量与净光合速率、果重、果长、果宽呈现显著的相关性,净光合速率与蛋白质的含量呈显著的负相关。2.辣椒的杂种优势相当普遍,48.7%的性状组合表现正向优势,49.2%的性状组合表现负向优势,仅有2.1%的性状组合无杂种优势。3.亲本与F1代在净光合速率、叶面积、第一开花节位、株高、单株初期产量等性状上有显著的相关性,依据亲本与子代的相关性,可通过杂交亲本的选择从而提高F1代早熟性、丰产性等性状。4.辣椒的杂种优势程度依不同的性状而异,以辣椒初期单株产量最为显著,其次是果长、果宽和果厚；超中优势率和超亲优势率的排序基本一致,F1代中有9个性状的超中优势显著,占各性状的42.9%,8个性状超亲优势显著,占各性状的38.1%,以L2—7×L20—9,L6龙泉椒×L8,L20一9×L2—7,L20一9×118#-1杂交组合在各性状的杂种优势较为显著；不同的杂交组合在不同的性状间其变异幅度有较大的差异,杂种优势较强的性状,其组合间的变异幅度较大,而杂种优势较弱的性状组合之间的变异较小。5.ISSR鉴定亲缘关系,从树形图和遗传相似系数表可以看出,当相似系数为0.73时,可将19份辣椒材料分为四大类。遗传相似系数的大小是衡量种质变异程度的标准,亲本L6龙泉椒与L8,L2-7与L20-9,L20-9与L2-7,L20-9与118#-1间的遗传相似系数最小,其杂交F1代L2—7×L20一9, L6龙泉椒×L8,L20一9×L2—7, L20一9×118#-1等具有较强的杂种优势,这点与生理形态的分析结果一致。