科学合理的绩效审计评价指标体系应当是能符合专项资金本身的资金特点,能够覆盖专项资金各个资金环节。在审计实务中,构建评价指标体系的核心元素有很多,如评价主体、评价周期、评价流程等。理论研究表明,在战略思想和技术方法上,绩效审计与平衡计分卡两者都具有相似的内涵。经过不少专家与学者在理论与实务的研究,事实证明在专项资金绩效审计评价指标体系中利用平衡计分卡理论构建评价指标体系是值得行得通的。基于平衡计分卡理念对财政专项资金开展绩效审计,会使绩效审计评价更加科学合理。文章首先从绩效审计理论入手,研究了在绩效审计中如何合理吸收平衡计分卡的先进性,以改善绩效审计。并从实务的角度,研究了如何将平衡计分卡的理论精华运用在实际中,并构建与泉州本地的财政专项资金相适应的绩效评价指标体系。其次,文章在介绍了泉州市财政专项资金绩效审计评价指标体系的发展现状,并指出目前泉州市专项资金绩效审计评价存在的问题,并结合国家和福建省的绩效审计政策,指出未来泉州市财政专项资金绩效审计的发展方向。最后,文章从泉州市2013年扶持企业发展专项资金的实例,设计出专项资金绩效审计评价指标体系构建的原则和步骤,从评价目标、评价原则、评价指标及评价标准四个方面构建评价指标体系,并应用平衡计分卡理念运用四维角度,有条理、有原则地构建出该专项资金的评价指标体系。文章运用简化的层次分析法,通过问卷调查法对企业、审计部门的专家学者进行指标权重调查,并形成一套完整的指标权重体系。结果表明,指标权重的分布是符合实际情况的,表明本研究结果具有一定的操作性。因此,本文对泉州市的财政专项资金绩效审计评价指标体系的完善具有现实意义。