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农业是国民经济的基础,近年来随着我国农业的发展,农业上施肥量呈迅猛增长态势,过量施肥或富裕施肥造成肥料利用率低、肥料残留以及肥料流失,最终致使水体富营养化。巢湖作为中国五大淡水湖之一也未能幸免。由氮、磷营养物流失带来的巢湖水体富营养化等污染问题越来越突显,已引起了社会各界人士的关注和担忧。研究不同施肥条件下,小麦-水稻轮作农田养分流失及污染特点和规律,对于改变不合理的生产方式,减少农业生产过程中的环境污染,摸清污染底数,制定相应的减排技术和治理环巢湖地区农业面源污染具有重要意义。本研究在巢湖市居巢区中垾镇连续两年采用田间原位径流法,研究常规施肥、高产施肥、高产+减氮30%、高产+减磷50%和秸秆还田等对稻麦轮作下肥料氮磷流失、流失系数以及肥料利用率等的影响。研究结果表明：1、监测周期作物生长期间内,巢湖流域稻麦轮作下年均地表产流6-7次,年均产流系数20%左右,稻季主要产流时期；2、不同施肥处理麦季总氮流失量为2.09-7.92 kg/hm2,总磷为0.033-0.076kg/hm2;稻季总氮流失量为3.49-22.67kg/hm2,总磷为0.099-0.692kg/hm2;稻季的氮磷流失量大于麦季,稻季为氮磷流失量发生的主要时期。不同施肥处理中,减氮施肥处理有效的减少总氮的流失量,减磷处理有效的减少磷的流失量；较常规施肥而言,秸秆还田处理在一定程度上可以减少氮磷流失,稳定性有待进一步研究。3、肥料氮磷流失系数均表现为稻季大于麦季且受流失量的影响,各不同施肥处理间变化差异明显。总氮的流失系数为0.21-4.52%,总磷为0.018-0.333%,不同施肥处理中常规施肥总氮的流失系数最大,高产施肥总磷的流失系数最大。4、稻麦轮作下,不同施肥处理对小麦和水稻的氮磷吸收量有所不同,具体表现2011年小麦总氮为：高产施肥>常规施肥>秸秆还田>高产+减磷50%>高产+减氮30%>空白；2012年总氮表现为：高产施肥>秸秆还田>高产+减磷50%>高产+减氮30%>常规施肥>空白。常规施肥小麦籽粒总氮吸收量为100kg/hm2左右,磷的吸收量为20 kg/hm2左右,水稻籽粒总氮的吸收量为40-60 kg/hm2,总磷吸收量为20 kg/hm2左右,吸氮量变化显著,磷的吸收量相对平稳。5、氮、磷肥料利用率与作物产量、氮磷吸收量有直接关系,麦季氮肥利用率高于稻季,不同施肥处理间氮肥利用率在25.19-65%之间波动,两年肥料利用率变化差异较大,秸秆还田处理氮肥利用率高于其他施肥处理。不同施肥处理磷肥利用率在12.29-33.27%间波动,减氮施肥处理磷肥的利用率最低。6、2011-2012连续两年水稻和小麦的产量都表现不施肥和减量化施肥均会对作物产量造成影响,以不施肥的影响较大,形成极显著性的减产。除空白施肥处理外,两年不同施肥处理小麦的平均产量为6361.4 kg/hm2,产量整体表现为：高产施肥>秸秆还田>高产+减氮30%>高产+减磷50%>常规>空白；水稻平均产量为7674.8 kg/hm2,高产施肥>秸秆还田>高产+减磷50%>常规>高产+减氮30%>空白。稻麦轮作两年总产量分别表现为高产施肥>常规施肥>高产+.减磷50%>秸秆还田>高产氮30%>空白；2012年表现为：高产施肥>秸秆还田>高产+减磷50%>高产氮30%>常规施肥>空白。