保税区是我国借鉴了国际自由贸易区、出口加工区的成功运作经验，并结合我国的具体国情基础上设立的。也是我国实施对外开放战略，积极融入世界经济的一个标志。在从设立开始到现在这十多年的时间里，保税区在许多方面都取得了可喜的进步，并创造的辉煌的业绩。但同时也暴露出许多的问题，如在区位定性、功能定位、管理模式等方面存在的问题都成了保税区进一步发展的瓶颈，特别是在我国入世以后，保税区原有的许多优势将削弱甚至消失，使保税区的进一步发展面临更大困难。国家宏观政策的调整也对保税区的发展提出了新的要求（如出口加工区的设立，限制了保税区出口加工功能的进一步发挥）。针对这些问题，结合我国设立保税区的初始意图和我国深化改革、进一步与世界经济全面接轨的要求。我国的保税区必须转型，而且是向世界上通行的自由贸易区转型。而对保税区的现状分析也说明，我们国家的保税区具备了向自由贸易区转型的条件。 然后，本文在参考国外自由贸易区运行的一般模式和发展趋势的基础上，根据我国保税区和自由贸易区之间的区别，结合我国国情以及保税区自身发展的实际，提出了我们国家转型后自由贸易区的目标模式，并给出了实现这一目标模式应该采取的具体措施。同时对转型的试点保税区安排、转型可能碰到的一些难题以及转型的步骤进行了初步的分析。