20世纪90年代以来新一轮院系调整的浪潮使得高校院系设置和院系治理成为近些年来学者们关注的重点领域。高校规模的扩张以及学科发展的综合化使得我国高校传统的组织管理模式越来越难以适应高校的发展,出现了管理效益低下等问题,在这样的背景下,进行高校院系结构调整迫在眉睫。研究我国高校院系设置的纵向架构对于我国新一轮院系结构调整的优化和整合,提高院系管理质量有重要的现实意义。因此,本文以全国815所本科高校为样本,调查高校的院系设置纵向架构的现状分布,按照院系架构的组织层级数量把院系设置的纵向架构分为四种样态:四级院系架构、混合型院系架构、三级院系架构和两级院系架构。通过总结不同层级的院系架构的特征及对比分析,得出影响我国院系架构的影响因素和逻辑。从院系架构的高校数量来看,三级院系架构是我国高校院系架构的主流模式。四级院系架构的高校共有22所,混合型院系架构的高校共有21所,三级院系架构的高校有741所,两级院系架构的高校有32所。从不同院系架构的联系来看,四级院系架构的高校在办学层次最高、规模最大,混合型院系架构的高校、三级院系架构的高校、两级院系架构的高校依次递减。从院系架构的特点来看,各级院系架构的高校都各具特色。从我国高校院系设置的纵向架构的现状得知院系架构分布总体规范但细节混乱,而且其变化受到众多因素的影响。本研究从办学主体角度分析高校院系架构的影响因素,认为不同院系架构的相同影响因素为学校属性、学校隶属等外部因素和高校决策者、高校规模、办学层次等内部因素。不同的因素有学校隶属、学生数量和本科专业数量等显著影响不同层级院系架构的因素等。最后把我国高校院系架构的差异原因归结为受到学科逻辑和管理逻辑的双重影响。