我国环境退化引起了政府和公众的高度关注,为此国家建立重点生态功能保护区对重点生态区域予以管理。保护区属于限制开发区域,是以提供生态产品为主体功能的地区,其设立为生态保护建设做出贡献。但由于制度设计,保护区的限制性让区域环境外部性问题加剧,同时损失部分经济发展机会。因此,重点生态功能保护区在生态保护上要进行额外的支出,又受区位因素影响大多经济落后,区域经济不能弥补保护区提供生态服务损失,有必要予以相应补偿以国家生态协调发展。对建立健全生态补偿中国政府积极探索有益的机制。我国的生态补偿以作为制度制定者的政府实施的生态补偿为主承担着生态平衡以及协调人与自然关系的职责,具体可分为政府有提供生态补偿转移支付财政支持的职责,区域间政府有协调相关利益确保区域生态平衡的职责以及政府负有协调地区生态保护与经济发展确保生态补偿效果的职责。,重点生态功能保护区生态补偿的政府由于重点生态功能保护区生态补偿制度的不健全、配套的生态补偿监管法律的缺失以及区域管理立法的滞后使得职责缺乏有效指导,各部门在生态补偿上呈现责任不明确的问题,无法解决当前重点生态功能保护区中生态平衡以及人与自然的矛盾,生态补偿效果也大打折扣。因此,生态补偿制度、监管法律体系以及区域管理立法和重点生态功能保护区的生态补偿制度亟需完善和规范。在重点生态功能保护区探究政府生态补偿职责完善,应首先从重点生态功能保护区进行生态补偿的法学基础入手,剖析生态补偿在重点生态功能保护区实施的必要性以及中央转移支付和横向生态补偿当前在重点生态功能保护区的施行情况,从政府在保护区生态补偿中梳理出职责;其次,厘清政府生态补偿职责的问题;再有,从我国政府在保护区生态补偿的困境出发,有针对性地借鉴域外生态补偿中完善生态补偿财政制度、生态补偿法律监督,明确部门职责,建立多维联动的生态补偿模式以及发展符合生态保护的生态经济等方面政府的经验;最后,从政府在保护区生态补偿职责入手,从生态补偿转移支付完善,强化部门合作、协调区域政府生态利益以及建立生态补偿法律监管体系,提升保护区政府生态管理方式以完善重点生态功能保护区生态补偿政府职责。