水稻细菌性谷枯病菌Burkholderia glumae不但引起谷粒枯而且也引起秧苗腐烂,已对发生国家的水稻生产构成严重威胁。鉴于其检疫重要性,2007年被列为我国进境检疫性有害生物,然而,国内尚未建立该菌的检测方法。本研究采用实时荧光PCR(Real-time fluorescence PCR)和经典PCR技术进行水稻细菌性谷枯病菌检测,拟建立准确、快速、灵敏的方法,以有效控制该病在我国的扩散和蔓延。研究结果表明,供试所有谷枯病菌都能产生139bp左右的特异性片段,非谷枯菌株均无特异性片段产生。两种检测方法的灵敏度比较发现,常规PCR技术能检测到10~4CFU/ml左右的菌悬液,实时荧光PCR技术能检测到10~2CFU/ml左右的菌悬液,实时荧光PCR比常规PCR灵敏度提高100倍。将模拟带菌种子与灭菌种子按1:100混合,可以检测到该菌的存在。水稻细菌性褐条病可由Acidovorax avenae subspecies avenae和Pseudomonassyringae pv.panici两种完全不同的病原引起,主要造成秧苗腐烂,是水稻苗期的主要病害之一。为明确从褐条病稻苗上分离出来的细菌属于哪一种病原,以便开展有效的病害治理。分离获得6株褐条病致病细菌,其中4株经主要细菌学特性、菌落形态、致病性、Biolog、脂肪酸分析(FAME)、电镜观察、Nested-PCR鉴定及与3株水稻细菌性褐条病标准菌株及2株西瓜果斑病标准菌株的比较,证实了该病是由单极鞭革兰氏阴性细菌Acidovorax avenae subspecies avenae引起。用FAME测定水稻细菌性褐条病菌,被误鉴定为西瓜果斑病菌,而用Biolog和巢式PCR鉴定能得到准确的鉴定结果。