“河长制”是我国为解决跨境水环境管理碎片化问题提出的中国方案，通过构建责任明确、协调有序、监管严格、保护有力的河库管理保护机制，破解“九龙治水”和“公地悲剧”的困境。“河长制”的治理模式契合了中国的政治传统和当前的治水国情，是推动保护水资源、管控水岸线、防治水污染、改善水环境、修复水生态的重要举措。但是，流域治理是一项长期性、复杂性、系统性工程，推行好、落实好“河长制”并非一朝一夕就能完成。因此，在“河长制”的运行过程中，通过河湖治理成效来检验“河长制”工作发挥的作用、存在的短板与不足，从而对“河长制”进一步优化完善。
　　本文选取三峡库区最大的移民城市重庆市万州区作为研究对象，以整体性治理理论和协同政府理论为研究工具，以文献梳理、实地调研、开展访谈等方法为研究手段，通过从整体性治理与“河长制”工作的耦合性入手，构建整体性治理理论下的“河长制”工作模型，比较分析万州区“河长制”的运行现状，取得的成效及经验，分析当前“河长制”在运行过程存在的不足及其原因，并针对性地提出对策建议。通过比较研究，发现万州区“河长制”运行过程中存在工作推进力度不够、信息共享程度不高、信任水平较低、责任机制不够健全、资源管理碎片化等问题，建议从树立整体性思维、完善信息共享机制、构建信任机制、完善协调机制、实现资源有效整合等方面进行提升，以期从整体性治理方面对“河长制”优化完善，进一步提升流域治理水平，改善水环境质量，满足人民群众对美好生活的向往。